尽管很多人认为吞咽是理所当然的，实际上这是一个非常复杂的过程。吞咽的正常发生，大脑必须自觉地协调喉部和食道众多的小肌肉运动。这些肌肉必须强烈收缩，以正确的顺序推动食物从口到喉咙后部然后顺食道下行。最后，食道的下部必须放松，允许食物进入胃内。因此，以下原因可引起吞咽困难：

脑部或神经系统疾病

一般的肌肉疾病

食道疾病（物理堵塞或蠕动异常[运动]）

引起吞咽困难的脑和神经系统疾病包括中风、帕金森病和多发性硬化和肌萎缩性脊髓侧索硬化症 (ALS)。这些疾病患者除吞咽困难外，通常有其他症状。很多已经确诊为这些疾病。

导致吞咽困难的肌肉疾病大体包括重症肌无力、皮肌炎和肌肉萎缩症。

引起物理阻塞的原因是食管癌、食管内部组织形成食管环或食管蹼以及慢性胃酸反流或吞食腐蚀性液体导致食管形成瘢痕。有时临近器官或结构如增大的甲状腺、胸部大动脉的隆起（主动脉瘤）或胸部中间肿瘤压迫食道。

食管动力障碍包括贲门失弛缓症（食管的节律性收缩大大减弱，食管下段肌肉不能正常松弛、导致食物无法通过食管进入胃内）和食管痉挛。系统性硬化症（硬皮病）亦可引起动力障碍。