TreeGraph的使用 |
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TreeGraph是用来查看和编辑树文件的软件,还是很好上手的,比Figtree的功能更强大一点。下面是根据个人使用经验总结的使用指南,下载和更详细的信息见官网 http://treegraph.bioinfweb.info/ 导入和导出文件:上方工具栏File-Open,出现如下对话窗: 选择要导入的树文件即可。 在导出文件时,点击工具栏 File-Export to graphic/PDF...,选择导出的文件类型为svg矢量图,这样方便后续在AI里编辑。 导入文件之后发现,左边是树,右面还有一个信息栏: 有同学发现导入树文件后,支持率信息没有直接出来,这时候选择Edit-Node/branch data-Copy column..,在弹出的对话框中,source的下拉框中选择右面信息栏中对应的支持率一列的表头名称,点击OK就可以了。 基本的编辑 1 设置外类群:选中外类群taxa,如下图,Ctrl+R或者点击工具栏Edit-Root by leaves 2 加入枝长信息:导入文件后,默认出现的是Rectangular Cladogram View,也就是没有枝长信息的树。我们可以选择工具栏下方的Phylogram/Chronogram View,变为有枝长的树,如下图: 或者点击工具栏View下的Phylogram/Chronogram View。 3 设置枝长的比例:点击工具栏下方的小图标Document Formats, 或者点击工具栏Format- Document formats,或者Shift+F5,出现如下对话框: 调节Distance per brach length unit,然后点击Apply查看是否满意,这个值越大,显示出的枝长越长。 也可以调节Document margin,也就是文档的上下左右边距,调节到自己觉得舒服的位置。 勾选Show Scale Bar,也就是显示枝长的比例尺。最后记得选OK。 我们可能会看到比例尺出现下面的情况: 点击选中比例尺,点击工具栏Format-Element formats,或者直接快捷键F5,出现下面的对话框: 勾选Whole tree width(left and right),就会看到比例尺的长度已经延展到最大枝长。 调节Distance to tree是调节比例尺到树的距离,Height是调节除文字信息外的比例尺图例的高度。 Small interval 是调节比例尺显示的最小单位,Long interval就是最小单位被划分为几格。 4 编辑分类单元名称Ctrl+A全选,快捷键F5弹出Element formats对话框,选择Front formats,在Front family下面的选项中更改字体,调节Front height更改文字大小 选择Front color可以改变字体的颜色,选择Leaf margin可以调节分类单元名字的上下左右间距。 5 编辑枝Ctrl+A全选,快捷键F5弹出Element formats对话框,选择Line Formats, 调节Line width改变枝粗细,Corner radius调到零,就是完全直角。 我们还可以用枝长的粗细来体现支持率的信息,点击工具栏Format-Set distance values by node/branch data... Source data显示为Text labels with the ID "support",就是选用支持率信息 target选择Branch line widths,就是用枝的宽度来体现支持率这一信息。效果如下: 如果希望枝不要是这种渐宽的,也可以改成同宽的,快捷键F5弹出Element formats对话框, 勾选Use constant line width即可,效果如下: 6 展示多个支持率如果你有用同一组分类单元建成的多个树,想在同一个树上展示多个树的支持率信息,那么先导入一个树文件,然后选择工具栏File-Add support values,或者快捷键F9,选择另一个树文件, 在ID prefix给另一个树文件的支持率信息加一个自己熟悉的名字。点击next即可。 |
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