中国浙江省古田山自然保护区在植物区系组成上，兼具南北特点，是联系华南到华北植物的典型过渡带，其中有些是中国和浙江省仅有或稀有的种类。

根据历年来调查资料统计有高等植物244科897属1991种，其中种子植物中有中国特有属14个，在浙江植物区系中仅见分布于古田山的种类有栓翅爬山虎、福建石楠、婺源安息香等10种；珍稀濒危植物32种：其中国家一级重点保护植物1种、国家二级重点保护植物14种、省级珍稀濒危植物17种，特别是香果树、野含笑、紫茎这3种珍稀植物群落大，分布集中。

中国浙江省古田山自然保护区动物有两栖爬行类77种、鸟类142种、兽类58种。其中国家重点保护动物37种（其中国家一级重点保护动物有白颈长尾雉、黑麂、豹、云豹4种，二级重点保护动物有白鹇、黑熊、小灵猫等33种）、省重点保护动物36种。而且黑麂是全国两个集中分布区中最大的一处；白颈长尾雉是全国分布较集中、数量较多的地区；该区也是国家二级保护动物白鹇、黑熊等动物的主要栖息地。

昆虫

中国浙江省古田山自然保护区昆虫有22目191科759属l156种，其中以古田山为模式产地的昆虫有11目37科164种，以古田山命名的24种，以开化命名的6种。

真菌

中国浙江省古田山自然保护区大型真菌207种，其中以古田山为浙江首次发现地的有50种。