奇异变形杆菌是变形杆菌属的一种主要病原菌。和摩根变形杆菌相似，经常存在于人粪便中，常由肠源性引起尿路感染。在普遍使用广谱抗生素后，变形杆菌已成为重要的条件致病菌，有时引起人类的严重感染，包括医源性感染，每每造成死亡。普通变形杆菌和奇异变形杆菌与临床关系较密切，奇异变形杆菌和普通变形杆菌是仅次于大肠埃希菌的泌尿系统感染的主要病原菌，肾结石和膀胱结石的形成可能与变形杆菌感染有关，有的菌株可引起败血症、食物中毒、腹膜炎、脑膜炎等。