R语言与临床模型预测

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R语言与临床模型预测

2024-07-10 01:47| 来源: 网络整理| 查看: 265

1.下载数据

2. 匹配基因

3. 基因去重复

4.匹配临床数据

5.批量cox回归分析

6.差异表达基因筛选

7.取交集,选出预后相关的差异表达基因

8.森林图绘制

9.lasso回归进一步排除具有共线性的基因

10.验证集验证,数据合并验证

11.多因素cox回归建模

12.列线图

13.矫正曲线

14.ROC曲线分析

上次筛选了预后相关差异基因,下面我们开始对这些基因进行lasso-cox回归:

下面数据准备:

这是之前做批量cox回归分析时生成的文件,内容如下:

这里的基因是所有的自噬相关基因。

下面我们还需要另一个文件: 

 这是Venn图取交集后得到的基因。



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