转录组

       转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的集合，代表了基因表达的中间状态，是基因功能及结构研究的基础和出发点，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。

蛋白质组

       蛋白质是生命功能的直接执行者，蛋白组是一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。蛋白质组学是对蛋白质组的研究，研究不同的蛋白质之间如何相互作用以及它们在生物体内发挥的作用。

联合分析

       蛋白质组学与转录组学联合分析， 就是通过对转录组数据和蛋白质组数据进行联合分析，挖掘mRNA与蛋白的表达水平，充分利用转录组和蛋白质组研究的差异性和互补性，对基因的表达水平进行全方位的衡量，以获得基因表达各个步骤表达和调控的全景图，发掘常规单个组学未能发现的新结果，全面探究生物体疾病机理，生长发育机制等。

联合分析思路及案例

       下面分享三篇医学领域蛋白质组+转录组联合分析的文章，供各位老师参考。

文章一

文章题目：蛋白质组+转录组助力神经母细胞瘤研究

发表期刊：Nature Communications（一区）

影响因子：IF=17.694

测序技术：蛋白质组、转录组

研究概述

       胚胎恶性转化伴随着器官发生，经常影响多能性和迁移性的祖细胞。虽然对恶性细胞与其生理对应物之间的谱系关系进行了广泛研究，但外源性胚胎信号的贡献尚不完全清楚。神经母细胞瘤（NB）是一种儿童期周围神经系统的恶性肿瘤，起源于胚胎躯干神经嵴 (NC)，其特征是肿瘤细胞的异质性和可相互转换的特性。研究应用模拟胚胎模型与蛋白质组学和转录组学研究相结合，发现胚胎交感神经节释放的信号（包括 Olfactomedin-1），可诱导NB细胞从去甲肾上腺素向间充质转变，并激活促进NB的转移。

技术路线

文章二

文章题目：TMT蛋白质组学和转录组学联合分析鉴定9个涉及牙周炎的关键蛋白

发表期刊：Frontiers in Immunology

影响因子：IF=8.786（一区）

测序技术：蛋白质组、转录组

研究概述

       牙周炎是一种细菌引起的、复杂的炎症性疾病，其特征是口腔牙周软硬组织的持续破坏，是成人牙齿脱落的主要原因。牙周炎是由多种因素引起的，涉及多种危险因素，其发病机制亟待探讨。先前研究表明，NLRP3、谷氨酰胺转移酶2（TG2）和牙周生物型是参与牙周炎或与口腔健康危险因素相关的口腔疾病的重要预测因子。随着组学技术的发展，各种转录组学和蛋白质组学研究已经分析了牙周炎的病理和进展。然而，基于多组学分析，牙周炎仍缺乏准确的特征分子。

       本研究中，作者利用定量TMT蛋白质组学对健康个体和牙周炎患者的牙龈组织进行了差异表达蛋白谱分析，发现炎症免疫相关簇在115个DEPs中最显著富集。基于蛋白质组学的蛋白表达水平，通过 LASSO分析筛选出9个hub DEPs。最后，整合牙周炎的转录组学，构建了由9个hub DEPs编码基因组成的人工神经网络（ANN）模型，证实其可以有效区分健康个体和牙周炎患者。

技术路线

文章三

文章题目：结合转录组学和蛋白质组学预测分析颞叶癫痫急性期潜在的生物标志物

发表期刊：Frontiers in Neuroscience

影响因子：IF=5.152

测序技术：蛋白质组、转录组

研究概述

       颞叶癫痫（TLE）是一种常见的慢性神经系统发作性疾病，表现为反复自发性癫痫、认知障碍和抑郁，占难治性癫痫病例的36%。然而，TLE急性期功能障碍的确切机制和生物标志物的诊断尚不确定，难以诊断。因此，目前迫切需要的是识别与TLE急性期相关的生物标志物，用于早期诊断和治疗。

       本研究作者通过蛋白质组学和转录组分析，从TLE相关的基因和差异蛋白中筛选了10个共表达基因（蛋白）。应用机器学习的LASSO和SVM-RFE算法识别出三个Hub基因：Ctla2a、Hapln2和Pecam1。采用logistic回归算法基于GSE88992、GSE49030和GSE79129公共数据集验证了三个Hub基因。该研究为TLE急性期的筛查和诊断建立了一个可靠的模型，为添加TLE急性期基因的诊断性生物标志物提供了理论基础。

技术路线