工程审计的工作内容有：1、审计建设项目的审批文件；2、审计建设项目的资金来源是否落实到位、是否合理、是否专户存储；3、审计合同履行情况；4、审计内控制度的建立、执行情况；5、审计工程设计变更施工现场签证的手续；6、审计工程成本核算及账务处理；7、加强设备、材料价格控制。