时为战乱时代。醍醐之国的领主景光为了领地的繁荣而与魔神进行交易，作为代价而献上了自己的儿子。时光流逝，就在年幼的盗贼·多罗罗遭到妖怪袭击的时候被一名神秘少年拯救。这位少年的身体，基本上都是人造的。

　　多罗罗与百鬼丸来到了万代这一女性所管理的村庄。百鬼丸不知为何突然在她面前露出自己的刀剑，因此被村人们丢进了仓库中。然而那个仓库早就有某个东西所在……

　　身为医生的寿海巡游于各地，为了给在战争中伤亡的人们装上义肢。某天他在河边捡到了一个欠缺了身体上各个器官的婴儿，并赐予了他的人造身体后将他抚养长大。被起名为“百鬼丸”的这位少年，为了取回自己的身体而开始了旅行。

　　多罗罗和百鬼丸展开了与杀人魔田之介的对峙。田之介所挥舞的刀是魔神所寄宿的受到诅咒的妖刀。好不容易打倒了田之介后，妖刀却跑到了多罗罗手上，控制了多罗罗的身体。

　　对突然听到的“声音”感到痛苦，而且还在与妖怪的战斗中受了伤的百鬼丸，跟名为美绪的少女相遇了。她照顾着在战争中流离失所的孩子们，同时也开始照料百鬼丸。然而得知附近有魔神的百鬼丸在负伤的状态下就开始了行动。