转录组是一个很有效、简便、普遍的研究手段，具有材料要求低，实验设计简单，数据产生周期短等特点；但是很多人仍不知道该如何利用转录组技术去解决自己的科研问题，究其原因，无非是以下两种：

转录组数据结果似懂非懂，无法做到从海量结果数据里一层一层筛选出关键的研究结果。

转录组后续分析及实验无思路，无法完成整个科研闭环！

解决以上两个问题，一是要真正读懂转录组结果，要知其然更要知其所以然；二是要多读文献，而且是好文献吆！为此，组学大讲堂精心筹备了《转录组结果解读与挖掘精讲班》，让你深入理解转录组数据，掌握标准分析后的数据挖掘思路及技巧方法，彻底玩转转录组！具体课表见文末。下面以一篇文章为例，来介绍一下别人是如何采用转录组测序技术，从大量数据到少量数据，层层筛选出自己关心的关键基因，并采用实验进行一定的验证，完成研究闭环的。

作者研究科学问题很明确：即小麦穗发育过程中不同时期基因时空表达。作者选择了穗发育6个时期，通过转录组测定这6个时期小麦穗中基因表达的变化情况及其调控机制。如下图，显示不同时期的麦穗的发育情况。

基于小麦穗发育的6个时期，分别采样并进行转录组测序，下面我们一起看一下作者是如何从海量数据里层层筛选的！

1. 首先针对测序数据结果，比较不同时期内，不同表达丰度基因的分布情况；并结合小麦基因组的ABD异源多倍体特点，分别统计基因在基因组（ABD）上分布，以及在不同时期的表达相关性，如下图：

2. 针对不同的发育时期，进行基因表达差异分析，筛选出差异表达的基因；下一步针对不同发育时期，构建K-means聚类，获得表达模式比较类似的基因集，如下图：

3. 针对差异表达的基因集，结合麦穗发育的机制，挑选生长素和细胞分裂素相关的基因，研究其表达模式，并用q-PCR验证。

4. 转录因子在植物的生长发育过程中起到关键的作用，作者分析了不同家族的转录因子在穗发育过程中的表达情况；并针对AP2 家族的转录因子进行q-PCR验证。

5. 结合已有的研究结果，针对穗发育过程中的一些关键的转录因子和基因进行q-PCR验证和原位杂交实验。

6. 物种发育具有一定的保守性，作者根据水稻中类似的研究，分析了本实验中同源基因的表达，发现与水稻中同源基因表达趋势一致。

首先作者研究目的非常明确，即研究小麦穗发育不同阶段基因的时空表达及调控机制；作者先分析不同发育阶段基因表达差异，了解基因表达模式。

接下来作者分别分析了激素（生长素、细胞分裂素）和关键转录因子对穗发育的调控作用，并对筛选的关键基因及转录组因子通过QPCR、原位杂交进行了验证。

最后作者还结合他人的研究数据，研究基因在水稻和小麦中表达调控的保守性，对自己结果进一步佐证。

总的来看，此文结构较为紧凑，脉络清晰，值得借鉴！

需要文献原文的老师请关注“组学大讲堂”微信公众号，转发该文章至您的朋友圈并截图，并在公众号对话框内发送截图证明并留言 “小麦穗发育” 即可获得原文献！（注意关键词需写全）。

转录组数据解读与挖掘精讲班开班啦！

我们将于2018年12月27日-12月29日在北京，中国农业大学举办“转录组数据解读与挖掘精讲班”，主要内容包含以下三方面：

1. 转录组文章行文思路详解；

2. 主流测序公司分析结果细致解读；

3. 转录组标准分析后的数据深入挖掘及实用方法技巧。

让您彻底看懂手里的转录组数据，理清文章撰写思路，掌握后续个性化分析的技能！一站式解决转录组数据利用难的问题！具体课表如下：

培训亮点：

1. 兼顾文章思路、结果解读、自主个性化分析三块，课程系统易学，适合初学者；

2. 线下精讲结合线上视频课后观看，解决了学后忘的难题；

3. 线下精讲结合VIP QQ群及论坛提问，即时解决学习、分析过程中遇到的问题。

培训费用：

3500元/人（可开发票）；中午免费午餐，住宿自理。

时间及地点：

2018年12月27日—12月29日（周四至周六）北京，中国农业大学西校区。

想参加的同学，赶紧扫描下面的二维码进行报名吧！

优惠信息：

1. 最早确认报名的15名学员赠送价值599元《转录组分析结果的解读》视频课程；已购买过该课程的前15名报名人员，则按实际购买价折现予以优惠；

2. 团报优惠，2人及以上95折，4人及以上9折，与优惠1可叠加。

往期回顾

北京林业大学站课堂

山西农业大学站课堂