感染性急性肠胃炎根据病原体不同，分为细菌性、病毒性、寄生虫性等。非感染性急性肠胃炎见于应激、药物、酗酒或食物过敏等。

对于成人来说，病毒感染导致急性胃肠炎的比例远超其他病原体，寒冷季节的婴幼儿腹泻80%由病毒感染引起。大部分胃肠炎主要由轮状病毒、诺如病毒、腺病毒、星状病毒四种病原体所致。轮状病毒主要感染婴儿与儿童，尤其是6~24个月的婴幼儿，是婴幼儿腹泻最常见的病原体。诺如病毒主要感染年长儿童和成人，可通过食物、水、患者呕吐物进入空气，以气溶胶形式传播，很容易引起暴发，是成人病毒性腹泻最常见病原体。同时该病毒也是集体机构暴发性肠胃炎的首要致病源，如餐馆、托幼机构、医院、学校、军营、游船、养老院等地点，因常呈暴发性，从而造成突发公共卫生问题。

进食被细菌污染的食物后可引起，即食物中毒，也可因接触带菌者或饮用生水引起。小儿患者常见的细菌包括大肠埃希菌属、弯曲菌属、沙门菌属以及志贺菌属等。成人常见的致病菌为沙门菌、痢疾杆菌、大肠埃希菌、副溶血弧菌、弯曲菌、气单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌等。

常见病原体有贾第虫、阿米巴、隐孢子虫等。

进食生冷、过热、大量酸性等刺激性强的食物，摄入有毒植物、蘑菇、外来海产品、化学毒素，服用胃肠道刺激性药物(如阿司匹林)、酗酒、海鲜过敏、重金属中毒等可引起非感染性急性胃肠炎。

年龄越小，越可能发生急性胃肠炎，且低龄儿(