清雍正九年（1731年）在大埔坪（今佛冈县石角镇府城村）设立捕盗同知，管理清远、英德、从化、花县、长宁、广宁6县捕务（无管理地方行政事务职能）。嘉庆十八年（1813年），划出清远县吉河乡和英德县大陂都、岩下都的部分地区，建立佛冈直隶军民厅，简称佛冈厅，直隶于广东布政使司。此为佛冈建置之始。民国3年（1914年）撤厅改县，始称佛冈县。新中国成立后，1953年和1958年，先后将原属清远县的汤塘、四九和龙山、民安等乡镇划归佛冈县。1952年和1958年，先后两次与从化县合并，1953年和1961年先后两次恢复佛冈县。从1961年起，一直保持佛冈县的独立建制至今。2011年，佛冈县下辖6个镇。

一般认为，“佛冈”之名是由佛冈村而来。康熙十一年（1672年）版《清远县志》的地图上已有“吉河乡佛冈村”的记载。先有佛冈村，然后才有佛冈县名。“佛冈村”因村中建有佛寺而得名。也有说佛冈得名于观音山，说观音山有一“天成佛像”，故而名之。