（1）本质特性不同

植物新品种保护的本质特征是对申请人知识产权即财产权的保护；品种审定的本质特征是对申请人生产秩序化限制的管理。

（2）范围不同

品种审定的新品种可以是新育成的品种，也可以是新引进的品种；植物新品种保护的新品种，既可以是新育成的品种，也可以是对发现的野生植物加以开发所形成的品种。

（3）特异性要求不同

品种审定突出品种的产量、品质、成熟期、抗病虫性、抗逆性等可利用特性；植物新品种保护主要从品种的外观形态上进行审查，如植株高矮、种皮或花的颜色、叶片宽窄、株型等一个或几个方面，明显区别于递交申请以前的已知品种。品种审定区试时所选的对照品种仅是当地主要推广品种；植物新品种保护所选的对照品种（近似品种）则是世界范围内已知的品种，并在审查测试时需将申请品种、标准品种、近似品种种植在一起进行比较。

（4）新颖性要求不同

品种审定不管在审定前是否销售过，而植物新品种保护则要求在申请前销售未超过规定时间。

（5）审查机构和层级不同

品种保护的受理、审查和授权集中在国家一级进行，由植物新品种保护审批机关负责；品种审定实行国家与省两级审定，由品种审定委员会负责。

（6）推广使用有差别

审定品种可以推广应用；而授权品种不一定能全部通过品种审定。