如果在诊断描述中没有指出解剖学部位时，则使用形态学默认的解剖学部位编码。如果已知肿瘤发生在另一个部位，则忽略这个默认的解剖学编码。

在董景五编写的ICDO3编码一书以及中国肿瘤登记指导手册（2016）一书中列出的形态学术语后面的括号里列出了这些形态学编码对应的部位编码，这形态学的肿瘤通常发生在这些部位中。例如：诊断描述”视网膜母细胞瘤” M9510/3（C69.2），诊断中没有指出具体部位，则使用建议的部位编码C69.2。

某些肿瘤的名称暗示了一个解剖学部位，但是这些肿瘤其实不必编码到这个部位。例如”胆管癌”通常发生在肝脏的肝内胆管肿瘤，（胆管的ICDO3的解剖学编码分两种：肝内胆管（C22.1）和肝外胆管（C24.0））。因此，面对这些容易混淆部位的肿瘤时，需要编码人员熟悉病案以明确诊断，常见的容易混淆的部位见下表。