根据其结构，去垢剂可大致分为：离子型、两性型和非离子型。

离子型去垢剂含有阴离子或阳离子头基，并带有净电荷。离子型去垢剂胶束的大小由侧链的疏水吸引力和离子基团的排斥力共同决定。因此，随着反离子浓度的增加，头基团上的电荷被中和，胶束体积就会增大。胶束尺寸也会随着烷基链长度的增加而增大。离子型去垢剂在溶解膜蛋白方面非常有效，但几乎总是会在一定程度上使得蛋白质变性。

非离子型去垢剂含有不带电的亲水性头基，由聚氧乙烯分子或糖苷基团组成。由于非离子去污剂能打破脂质-脂质和脂质-蛋白质之间的相互作用，但不能打破蛋白质-蛋白质之间的相互作用，因此被认为是非变性的。因此，它们被广泛用于分离具有生物活性的膜蛋白。与离子型去垢剂不同，盐对非离子型去垢剂胶束尺寸的影响极小。

两性型去垢剂具有离子型和非离子型去垢剂的特点。与非离子型去垢剂一样，两性型去垢剂不带净电荷，缺乏导电性和电泳流动性，也不与离子交换树脂结合。不过，与离子型去垢剂一样，它们也能有效地破坏蛋白质与蛋白质之间的相互作用。与线性两性型去垢剂相比，类固醇型两性型去垢剂（如 CHAPS）的变性程度较低。

下表整理列出了常见去垢剂的类型及临界成胶束浓度(CMC)。