经过现有的药物治疗，需要手术的患者明显减少。适应证包括穿孔、梗阻、不能控制的或反复的出血、或内科治疗不能控制的症状（很少）。

手术的目的是减少胃酸分泌，通常还包括确保胃引流畅通。对十二指肠溃疡，推荐术式为高选择性或壁细胞迷走神经切断术（仅切断胃体部传入神经，而不切断胃窦部传入神经，使输出道功能不受限制，无需再手术处理胃排空问题）。这种手术方式的死亡率很低，并可预防传统切除术和传统迷走神经切断术带来的后遗症。其他减少胃酸的外科方法包括胃窦切除术、半胃切除术、胃部分切除术及胃次全切除术（如切除胃远端的30%～90%）。这些方法常与躯干迷走神经干切断术联合使用。接受切除术的患者或需要解除梗阻的患者，一般行胃十二指肠吻合术（Billroth I式）或胃空肠吻合术（Billroth Ⅱ式）。

术后症状的发生率和类型随术式而异。胃切除术后，30%患者可出现明显症状：包括体重减轻、消化不良、贫血、倾倒综合征、反应性低血糖、胆汁性呕吐、动力障碍和溃疡复发。

体重减轻 常见于胃次全切除术后，由于早饱感（因为残留的胃腔小），或为防止倾倒综合征或其他餐后综合征的发生，患者可能会限制食物摄入。因为胃腔小，即使中等量进食，患者也会出现腹胀和不适；应鼓励他们少食多餐。

消化不良和脂肪泻由胰胆管旁路导致，特别是Billroth II吻合术后，可引起体重减轻。

贫血常见（常为缺铁所引起，偶尔可因内因子缺乏或细菌过生长导致维生素B12缺乏而引起），可发生骨软病。所有全胃切除的患者，推荐肌注维生素 B12；对胃次全切除患者，若怀疑有维生素缺乏，也应补充。

倾倒综合征可能发生于胃手术后，尤其是切除术后。 进食后很快出现虚弱、头晕、出汗、恶心、呕吐和心悸，特别是进食高渗食物后。这种现象被称为早期倾倒综合征，其病因学尚不清楚，但可能与自主神经反射、血管收缩和小肠内血管活性物质释放有关。调整膳食，包括少食多餐、减少碳水化合物摄入通常是有效的。

反应性低血糖或 晚期倾倒综合征 （另外一种综合征）由碳水化合物从胃腔内过快排空所致。早期的血糖峰值促进胰岛素过多分泌，导致餐后数小时后发生症状性低血糖。推荐摄入高蛋白、低碳水化合物和足够热量的饮食（少食多餐）。

动力障碍（包括胃轻瘫和胃石形成），可继发于Ⅲ期胃运动收缩能力降低，见于胃窦部切除或迷走神经切断术后。腹泻特别常见于迷走神经切断术后，即使没有切除（幽门管重建术）也可发生。

早期研究表明高选择性迷走神经切断术后溃疡复发率为5%～12%，胃切除术后为2%～5%。复发性溃疡可经内镜诊断，质子泵抑制剂或H2 阻滞剂治疗有效。如溃疡持续发生，应通过胃液分析以确定迷走神经切断的完全性，如果存在幽门螺旋杆菌 ，则需要根除，并通过血清胃泌素测定排除胃泌素瘤。