RNA水平和蛋白水平做出的结果不一致说明什么问题 |
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我们可能经常会碰到在RNA水平（如PCR)和蛋白水平(如WESTERN)做出的结果不一致，如果这种情况单从理论分析（先抛开实验操作等因素）是什么原因造成的，说明了什么现象。参加过很多场答辩及专家成果鉴定，往往有些专家会提出这类问题，而答辩者大部分回答不上来。请大家谈谈，第一先从理论层面分析，第二再结合实验操作来谈。谢谢这个我个人认为可能有两个原因:如果ＲＮＡ高而protein低 可能是翻译阶段出问题了，也就是说，虽然有相当数量的RNA但是由于翻译效率低，所以蛋白水平低如果是RNA低protein高,则可能是蛋白降解有问题了．抛砖引玉，hehe一点浅浅的见解，不一定对：1、从试验技术角度看：mRNA丰度很高，应当翻译出相应丰度的蛋白，若蛋白水平低，可能跟WESTERN选用的抗体有关。具体说，该蛋白有没有经过修饰、折叠、磷酸化、脱磷酸化等等都影响其抗原性，针对同一个蛋白的不同抗原形式，就可能做出不同的抗体，而在使用其中某一种抗体检出蛋白时，很可能不具有代表性，例如：CREB的抗体就可能检不出CREB-P，导致检出结果偏低。特别是某些具有活性的酶蛋白。2、从理论上看：如果是mRNA丰度低于相应蛋白，那么赞成楼上说法，蛋白的降解减少了，储存增加了。 见笑！ Protein can not only regulated on transcription level but also translation level and turn over level.That is why mRNA is not a direct indication of protein level.For example, some TRf mRNA only translated when blocking protein is removed by certain signal. It is also possible for the protein to be reguilated by different turn over rate, like NFkB, EcR, p53, and ect.That is why you much confirm your RNAi data by western blot. If you want to find out if your protein is regulated post-translationally.you can inhibit lysosome or proteasome by specific drugs like MG 132, Lactacystin, Epoxomicin, NH4Cl, to see if your protein is affected by change of turn over rate.There are also one possibility though comparatively rare, your antibody epitope may be changed by alternative mRNA splicing.请问楼上战友“turn over level” 这词组和 “That is why you much confirm your RNAi data by western blot" 这句话是什么意思啊，能不能不用大段英语写啊，中文更能帮助理解呀。olddoctor00 wrote:请问楼上战友“turn over level” 这词组和 “That is why you much confirm your RNAi data by western blot" 这句话是什么意思啊，能不能不用大段英语写啊，中文更能帮助理解呀。各位战友或各位版主翻译一下什么意思吧，特别是“turn over level”该是什么意思啊mRNA的稳定性是需要考虑的因素，不同刺激虽可引起同样mRNA的表达，但表达出的mRNA的稳定性却不尽相同。即是说，某些情况下，虽然表达mRNA，但很快降解，从而会影响蛋白表达。现在研究比较热的miRNA，就能与mRNA结合，起到抑制转录成蛋白的作用。本人现在就在做miRNA的研究，不知道有没有同道交流？turn over level应该是翻译后水平。其实这些问题看你怎么解释，只要结果重复性好，结果可信就行。最简单的一种解释，是PCR是2的n次方变化，而wetern不是，再者两种方法的敏感性不一样，一个是拷贝数的差异，一个是微克数的变化。 但如果一种增加，另外一种则降低。这往往与RNA或蛋白在细胞内的稳定性相关。如果某种RNA稳性性差，易降解，则易出现RNA降低，而蛋白表达增加；如果某种蛋白质稳定性也差，则易出现蛋白表达降低，而RNA增加。 对付专家的解释尽可能地提供几种可能性。当然，RNA和蛋白的修饰更易解释了，他们对这方面的了解通常并不多。 turn over: protein is degraded and re-synthesized> |
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