ACS Nano:用于调控DNA链置换和构建复杂DNA纳米器件的多功能夹链

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ACS Nano:用于调控DNA链置换和构建复杂DNA纳米器件的多功能夹链

2023-05-14 23:20| 来源: 网络整理| 查看: 265

DNA纳米技术作为纳米技术的一个分支已经在生物医学邻域产生了深远影响,基于碱基互补配对原则可以设计构建多种DNA纳米器件,例如DNA回路,DNA机器,可重构结构。为了克服DNA双链与侵入链发生链交换速率慢的问题,Yurke等人设计了一种toehold介导的DNA链置换反应,促进了DNA纳米技术的发展,目前,toehold介导的DNA链置换反应已经成为各种DNA装置构建和运行的基础。然而,目前用于调控toehold反应的方法不能满足构建复杂DNA装置的需要,此外,由于嵌合结构的存在,各种调控toehold反应的功能是单一的,与其他调控工具不能兼容。复杂的DNA纳米机器通常需要多种类型的调控,现有的调控方法限制了复杂和强大的DNA纳米机器的发展。因此,迫切需要开发多功能、高兼容性的调控工具。

成果简介

近日,由华中科技大学同济医学院生殖健康研究所肖先金教授课题组在《ACS Nano》期刊上发表了题为“Multifunctional Clip Strand for the Regulation of DNA Strand Displacement and Construction of Complex DNA Nanodevices”的研究论文。作者设计了一种可以对toehold反应进行多种调节的工具,他们所提出的调控工具与其他调控工具相比好的兼容性,理论上可以应用于所有常规toehold反应场景,而且,该调控工具可以极大地改善复杂DNA纳米器件的构建和应用。

图文解读

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图1.(a) Clip介导的链置换反应途径的示意图。(b) 在有或没有Clip介导的toehold链置换情况下由侵入链和目标dsDNA组成的系统的荧光强度。(c) R的长度对链置换过程动力学的影响。(d) c图中显示的反应动力学常数。它们非常适合S形曲线。(e) R和T的长度对链置换过程动力学的影响。作者设计的Clip介导的toehold反应具有广泛的应用范围,其反应速率可以通过改变结构域的长度进行微妙的调控,因此目前大多数DNA纳米机器使用Clip介导的toehold反应替代传统反应非常方便。

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图2. (a) 选择性、(b) 可重置性和 (c) Clip 介导的链置换的变构模式。上述数据表明,Clip介导的链置换反应的选择性和可重置性,而且变构Clip可能是减少toehold链置换反应和纳米结构泄漏的一个突出的解决方案。

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图3. 基于Clip介导的toehold的DNA walking的示意图。沿曲线标记的Unit-S、Unit-P和Unit-E表示货物链的位置。例如,在大约50 min时,反应体系的荧光强度达到峰值,而货物链主要位于Unit-P上。(b)基于Clip介导的DNA walking的荧光强度变化。(c) A的长度对walking过程的影响。这组实验数据说明,作者构建的多功能Clip介导的DNA walking能够实现可控的上轨、破轨和脱轨功能。

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图4. 货物链沿轨道1和轨道2顺序行走的示意图和实验验证。实现了可控的上轨、破轨和脱轨功能。(b) 通过Clip介导的链置换在三个轨道之间编程货物行走路径的示意图和实验验证。集成可控的上轨、破轨和脱轨的独特功能,步行路径可以被编程和网络化。以上数据有力地证明了Clip介导的链置换的多功能性和串联性使DNA行走机器的路径编程成为可能,作者建立的Clip工具极大地促进了复杂DNA纳米机器的应用。

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图5. 基于Clip介导的AND和OR逻辑门的示意图和实验验证。(b) 半加法器的逻辑电路图。(c) 逻辑电路全加法器示意图。(d) 半加法器可重用性的实验验证。(e) 全加法器可重用性的实验验证。

总结与展望

综上所述,作者设计了一种集多种功能于一体的调控工具,实现了对反应速率、变构链置换、选择性激活和反应重置的细微调节。另外,在Clip介导的toehold链置换反应中,入侵链与靶向的dsDNA之间的置换关系与传统的toehold一致。因此,Clip介导的toehold链置换可以替代传统的toehold介导的DNA纳米器件。复杂的DNA walking和可重复使用的DNA计算器的构建进一步证明,具有多种调控功能的Clip可以显著提高当前DNA纳米机器的复杂性和功能。


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