以下简要谈谈用Gromacs跑动力学电脑硬件配置——个人体验

  首先说一说自己跑gromacs动力学的实际体验。

  随着CPU ，GPU等制作工艺的提升，看似每年电脑的价格差距不大，但是性能有所上涨。也就是说算力更便宜了，近几年来，随着GPU对计算领域的加速，使得动力学模拟等以更低的门槛走进各个实验室。

   以下简单说一下我用过的几种电脑的配置，以及他们跑Gromacs的情况。以跑多少ns为衡量标准。（由于每台电脑的配置，散热，内存频率等有所差异，对性能也有一定的影响，不过主要看CPU和GPU 的性能。以下仅供参考。以下为window系统下测试 win10和win11差别不大，不细作注明区分。1.2nm为1.2nm的库伦和范德华截断。1.2nm的为510个残基， 1.4nm的为300个残基，用的都是tip3水模型。

   价格为参考，不包括显示器（不要求显示器，几百块的就行）

  第七代i7+1050ti  —跑50ns —— 1.2nm  —60小时左右 ——低于3000（现已经不生产）

   第十代i7+2060  —  跑50ns  —   1.2nm  —30小时左右——4500左右（老电脑了，不推荐）

第十二代i7+3060（笔记本） —  跑50ns —1.2nm—10小时左右—8800左右（不推荐笔记本）

第十二代i7+3060（笔记本）— 跑50ns  —1.4nm—12小时左右—8800左右（不推荐笔记本）

【同样的配置，台式机比笔记本性能更好，而且更便宜。】

……

  第9代i7 +3090 ——跑80ns×4——1.4nm——38小时左右 （CPU有点low）

经过测试，同时跑4个GPU利用率为50%，但9代i7已经跑满，换十二代i7以上的配置，应该可以同时再开两个没问题。买全套3090 台式机，2万左右不推荐成套买3090的，自己组装成本会低小几千。(临时需要的可以去网上租3090，有30块多一天的)。

如果不清楚用什么样的硬件跑Gromacs，不建议立即采购选配置。建议先网上租几天试试。像3060 ，20多一天，3090也有30多，40多，一天的。先试试不同的配置，根据自己的预算，再做考虑。

关于跑Gromacs，GPU和CPU的搭配，以前觉得跑Gromacs可以把预算都考虑到显卡上，3080起步，CPU可以拉一点，其实不然，跑Gromacs两个都要考虑CPU和GPU。

原因不做过多叙述，给出跑计算的实例作为参考。

 跑的体系是RNA，70个碱基，长度8纳米，1.4nm的截断。按原子个数来说，这个体系不算大，但很耗时间。但按照盒子的大小来说，这个RNA定义的盒子比得上一般600个残基的蛋白质，虽然我们分析的时候都是把离子和水去掉，但是计算的时候确实整个体系来算。应是这个盒子大小也很影响计算时间。

如果有兴趣的话，可以拿一个Cubic和Dodecahedron分别定义的体系来做一下测试对比。记录一下添加的SOL数目，一测便知。

12代i5+3090  ----一个------跑30ns ------------CPU满载-------GPU 50%左右------ 7个小时

12代i5+3090  ------两个----跑30ns ------------CPU满载-------GPU 80%左右------ 10个小时

这个时候再加下去已经没有什么意义了，跑一步运算，需要CPU和GPU协力，这时候CPU已经忙不过来了。内存使用5GB左右。

Gromacs并不吃内存，但是CPU和GPU都有要求。

笔记本是CPU和GPU共用散热风扇的，比不上台式机的塔式散热。虽然有些广告说满血版，超强散热什么的，但是散热物理体积和电源功耗在那摆着，性能不如台式机（同价位下）。举个例子 ，这里的内存频率，显示器等，暂不考虑。

笔记本12代i7+3060（6GB显存）+16GB+512固态 ≈ 8800左右；

台式机12代i7+3060（12GB显存）+16GB+512固态 ≈ 6000左右；

看12代i5+3090跑Gromacs的表现来看，CPU至少要十二代i7以上，GPU看预算了，至少也要3060ti。32GB内存 虽然Gromacs并不吃内存。但是像高斯这类软件，大一点的体系就很吃内存了，先预备着。硬盘的话至少1TB固态，Gromacs运行出来的文件挺大的，再一分析生成md_fit.xtc就得好几GB。或者直接2TB固态，装双系统的时候，分区就不用纠结了。

这里建议intel+Nivida的组合，并不是AMD的不好，只是对于不少程序计算加速来说，cuda支持的比较好，而且用户比较多，不然在编译和使用的时候，可能会出现不支持或者调参数情况，有点麻烦。

更多购买配置，持续更新中……