基于贝叶斯学派使用R的gemtc包实现效应量为SMD的网状meta分析

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基于贝叶斯学派使用R的gemtc包实现效应量为SMD的网状meta分析

#基于贝叶斯学派使用R的gemtc包实现效应量为SMD的网状meta分析| 来源: 网络整理| 查看: 265

大家好,这里是小侃数据,我是小彐一卜

1前言

读过我们既往教程的同学都知道,基于贝叶斯学派做连续变量网状meta分析的R包,默认的效应量是MD,也没有什么参数可以直接设置为SMD作为效应量。

不管是R的gemtc包、还是BUGSnet包,还是2022年出来的multinma包,都是如此,没有直接设置为SMD作为效应量的参数。

那么,究竟神马是SMD,又为什么要用SMD作为效应量?

如果我们纳入的研究间对同一个指标所采用的度量方法不一样(比如不同的量表),单位不一样,评价标准不一样,总分也不一样,丢弃这些研究又觉得可惜,纳入又不能用MD直接合并,那么该怎么办?

答案是,可以选择SMD作为效应量纳入上述研究。

基于频率学派很好设置SMD,比如使用STATA软件的话,直接在网络设置的时候加一个SMD的参数就可以,如下所示:

network setup mean sd n, study(id) trt(t)format(augment) smd

其他更加详细的请参见:手把手教你用Stata的Network包实现连续性变量网状Meta分析

又比如基于频率学的R包netmeta,也有一个sm参数直接设置为SMD,如下所示:

net1

对上述过程不熟悉,或者对使用STATA软件不熟悉的童鞋们,一定要去看手把手教你用Stata的Network包实现连续性变量网状Meta分析

然后我们将数据整理为如下格式的csv文件:

studytreatmentdiffstd.errAssarian2016AripiprazoleNANAAssarian2016Risperidone0.840.22Atmaca2002PlaceboNANAAtmaca2002Quetiapine-2.060.49Bystritsky2004PlaceboNANABystritsky2004Olanzapine-0.810.41Carey2005PlaceboNANACarey2005Quetiapine0.010.31Denys2004PlaceboNANADenys2004Quetiapine-1.280.35Diniz2011PlaceboNANADiniz2011Quetiapine1.110.36Erzegovesi2005PlaceboNANAErzegovesi2005Risperidone-1.240.5Fineberg2005PlaceboNANAFineberg2005Quetiapine-0.260.44Hollander2003PlaceboNANAHollander2003Risperidone-0.660.53Kordon2008PlaceboNANAKordon2008Quetiapine-0.260.33Mania2008RisperidoneNANAMania2008Olanzapine-0.050.28McDougle1994PlaceboNANAMcDougle1994Haloperidol-0.970.36McDougle2000PlaceboNANAMcDougle2000Risperidone-1.090.38Muscatello2011PlaceboNANAMuscatello2011Aripiprazole-1.070.34Sayyah2012PlaceboNANASayyah2012Aripiprazole-1.670.38Selvi2011AripiprazoleNANASelvi2011Risperidone-0.90.36Shapira2004PlaceboNANAShapira2004Olanzapine-0.290.3Shoja Shafti2015AripiprazoleNANAShoja Shafti2015Quetiapine-0.640.31Simpson2013PlaceboNANASimpson2013Risperidone-0.060.27Storch2013PlaceboNANAStorch2013Paliperidone-0.210.34

然后在RStudio里面,用以下代码导入数据即可:

data

分为两种情形:

情形一:如果se_{(k1,b)},se_{(k2,b)},se_{(k1,k2)}都能提取出来,那么直接输入下方的单元格,即可以得到se_{(b)},也就是我们所需要的参考臂标准误;

情形一应该是最常见的,其中三个se均可利用上述方法利用STATA软件得出;

情形二:如果se_{(k1,k2)}未知,那么需要输入n_{(k1)},n_{(k2)}和n_{(b)},也就是三组的样本量,然后得出se_{(b)}。

情形二虽然不常见,但也跟大家说一下。

那么接下来,应该就没有问题了。

4频率学与贝叶斯SMD结果对比

最后给大家对比一下使用频率学STATA贝叶斯R的gemtc用同一批数据做出来的以SMD为效应量的结果:

频率学结果:贝叶斯结果:

可以看到点估计是一模一样的,只是95CI有些差异。

5R软件的gemtc安装问题

因为R版本更新,JAGS软件更新等一系列更新,导致完全按照之前教程进行傻瓜式安装出现了一些问题,所以安装有问题的一些同学可以看我在B站的R安装教程(贝叶斯网状meta分析所需的R软件等相关软件的安装教程_哔哩哔哩_bilibili)。

同样,本教程的视频演示也会更新在B站(基于贝叶斯学派使用R的gemtc包实现效应量为SMD的网状meta分析_哔哩哔哩_bilibili

6既往网状meta分析相关教程回顾(超详细)手把手教你安装Stata软件及网状Meta包手把手教你用Stata的Network包实现连续性变量网状Meta分析手把手教你用Stata的Network包实现分类变量网状Meta分析手把手教你用R的gemtc包对分类变量进行贝叶斯网状Meta分析手把手教你用R的gemtc包对连续变量进行贝叶斯网状Meta分析手把手教你用R的gemtc包做贝叶斯网状Meta的回归分析生存数据的网状Meta分析||如何整理为可以用R的gemtc包进行分析的格式手把手教你用R的gemtc包对生存数据进行贝叶斯网状Meta分析NMA结果可信度评估的工具CINeMA简介之一:Within-study bias如何用R的ggplot包制作排序图及累积排序图生存数据做网状Meta分析||如何做网状关系图基于贝叶斯学派使用R的multinma包做网状meta分析手把手系列教程|基于贝叶斯学派使用R的multinma包做连续变量网状meta分析使用Endnote软件进行文献筛选时的技巧小侃RCT的偏倚风险评估实用网状Meta分析教程目录网状Meta分析操作视频演示已在网易云课堂发布BMJ经典网状meta例文


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