肿瘤耐药研究神器之 |
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有不少小伙伴是做肿瘤耐药研究的,今天我们就介绍一个数据库GDSC:Genomics of Drug Sensitivity in Cancer,看这个数据库如何帮我们做好我们的研究工作。 数据库网址:http://www.cancerrxgene.org/,打开后主页是:
1、从药物出发,查询肿瘤药物基本信息,如IC50、靶点、信号通路检索,以及耐药、敏感相关基因; 2、从基因出发,查询基因在肿瘤中的突变情况、对药物敏感耐受信息; 3. 从肿瘤细胞株出发,查询基因突变以及药物敏感信息; 因此这是一个整合了药物、基因和肿瘤信息的数据库,可以三者互查。 一、从药物出发 我们在做肿瘤耐药研究的时候,经常会从一种药出发研究肿瘤耐药的机制,而GDSC就收录了常用的265种肿瘤药物的IC50、靶点、信号通路等信息,我们看一下: 在主页的三个主题Compound、Cancer Feature和Cell line中,我们点击Compound:
单击Doxorubicin名字后就出现了有关Doxorubicin的信息了:
这样,我们就查到了阿霉素有关的基本信息了,接下来我们再考虑一个问题:阿霉素Doxorubicin的耐药与哪些基因有关呢? 在刚才的界面中,选择散点图(Scatter Plot):
我们从开始界面 Cancer Feature查一下: 单击Cancer Feature,
当然,我们也可以从初始界面根据信号通路来找药物,比如细胞周期有关的药物和靶点。 二、 从基因出发 这里我们反过来关心一个问题:BRAF的突变与肿瘤对哪些药物敏感或者耐药相关? 这样我们在Cancer feature界面中输入TP53后单击打开,
三、 从肿瘤出发 这次我们从肿瘤出发,看能获取哪些信息,我们以肺腺癌细胞株A549为例检索: 单击打开:
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