如何使用SnapGene绘制比较基因簇结构图 |
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寻找原噬菌体 1.1 PHAST 打开PHAST (http://phast.wishartlab.com/)网址,输入基因组Genbank accession number/fasta件,点击submit. ![]() 1.2 选择prophage 选取PHAGE_Shigel_SfII NCBI BLAST比对 2.1目标序列的比对 通过PHAST比对的结果,如下图标记的前者是基因组里的基因名,后者是噬菌体的GI号,下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。 网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 2.2 blastp比对 一般我们认为identity >30%;e-value 200;overlap >60%,二者具有同源性。 SnapGene viewer作图 3.1导人序列 导入序列从NCBI上下载基因组上比对上的基因区段与phage_shigel_sfii基因(gb文件),导入序列后,SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点等信息,依次点击下方的图标,将文字信息去除。 3.2 基因结构绘制 双击在DNA line下方的基因,适当调小基因的长度,让基因落在DNA line上(这里是使图片美观的,也可以不设置),根据比对结果,与基因组同源的基因设置成一样的颜色,点击file,将图片导出 Map。(svg矢量图格式,用于后续AI绘图) 3.3使用AI软件进行拼图 打开Adobe Illustrator CS6,选中矢量图,放置到一个模板里,小编这里就只加了标尺与名称,根据需要你们可以自行添加标注与注释等信息。 相关推荐: *snapgene 4.3.6 for Win/Mac *「视频教程」snapgene 引物设计使用教程 *基于SnapGene的多序列比对实例教程 *手把手教您画质粒图谱!SnapGene教程 *SnapGene如何设计sgRNA,构建载体,对靶基因进行敲除 *SnapGene快速入门,软件界面及常用操作 *Snapgene在载体构建的应用实例讲解 更多相关内容…… |
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