将DNA序列轻松导入SnapGene之后，就能够对其进行各种分析：

【DNA及蛋白质序列的基本信息】

仍以之前的NM_001101为例，当序列导入之后，我们可以在map图中看到很多方框，称为Feature，每一个Feature代表了具有特征的一段序列。将鼠标指针移到Feature上，会自动弹出该段Feature的特性：

从上图中可以看出，红色的箭头Feature代表ACTB的CDS序列，包含了丰富的信息，比如其在mRNA中的位置是193~1320，长度为1128 bp，表达蛋白为375氨基酸，预测蛋白大小为41.7 kDa。

点击到“Sequence”页面，可以看到DNA双链的序列以及ACTB蛋白的氨基酸序列。在氨基酸序列上右击，可以将CDS的氨基酸序列进行三字母和单字母替换，也可以将CDS的氨基酸序列复制到新建的SnapGene新建蛋白序列中，在新建的蛋白序列页面中，我们能够得到该蛋白的更多详细性质：

如整个蛋白区域或者选定区域的氨基酸长度、分子量、消光系数、等电点、特定pH下所带电荷以及氨基酸的组成等等。

【序列定位】

如果需要精确定位，无论是某个位置的单碱基还是序列中的某一段位置，都不需要根据长度去查找，仅需要使用“Edit”中的“Go to”功能（定位单碱基）或者“Select Range”功能（定位单碱基或多碱基）。

【预测ORF】

如果输入的序列没有明确的ORF信息，您可以对输入的序列进行ORF分析，预测其中的潜在阅读框，点击左侧工具栏中的黄绿双色箭头按钮，SnapGene会自动将序列中可能的阅读框显示出来：

在ORF预测选项中，我们可以进行参数调整，包括：1. 预测阅读框的最小长度，调小该值将可能预测出更多短链序列；2. 阅读框是否需要以起始密码子ATG（或GTG、TTG）开始；3. 不同物种的偏好密码子等。

鼠标点选某个ORF，即可在序列页面中查看其DNA及蛋白序列：

【酶切位点分析】

分析序列中有哪些酶切位点是SnapGene非常重要及常用的功能之一。SnapGene内置非常丰富的限制性内切酶数据库，可以轻松标注序列中的各种内切酶识别位点。点击左侧工具栏中的“Enzymes”按钮，各种内切酶识别位点就会显示在序列中，其中，通过各种不同的显示方式，可以了解这些酶切位点的特性。

粗体/非粗体：该酶识别位点是否在序列中唯一。

黑色/绿色：酶切之后产生粘性末端/平末端。

是否带有*星号：*代表该位点对甲基化敏感，或者必须在甲基化时才能识别。

SnapGene提供多种内切酶组合库进行选择，使用者可以根据自己常用酶的来源公司进行选择，或者根据酶的识别位点种类进行选择，或者定制自己的酶组合库。

对于一般的载体构建和基因克隆研究者，强烈建议构建一个自己常用的内切酶组合库。这里有个小编自己常用的库，里面包含了绝大多数常用的MCS中的内切酶：

Common

AatII, ApaI, AvrII, BamHI, BclI, BglII,BmtI, ClaI, DraI, EcoRI, EcoRV, HindIII,

KpnI, MluI, NcoI, NdeI, NheI, NotI, PstI,PvuI, PvuII, SacI, SacII, SalI, SgrAI,

SmaI, SpeI, SphI, StuI, XbaI, XhoI, XmaI,BsmBI

将其复制粘贴到txt文本文件，导入到SnapGene中即可，在菜单栏“Enzyme” - “Manage Enzyme Sets”中可以进行导入：

在接下来的推送中，小编将详细讲解如何利用该工具进行表达载体构建过程中，如何选择合适的内切酶。