R

语言之系统进化树的美化

百度百科对进化树的定义是：在生物学中，用来表示物种之间的

进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远

近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进

化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每

一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离

就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。同时有很多算法应运而

生

主

要

包

括

：

贝

叶

斯

法

（

Bayesian

）

，

最

大

似

然

法

（

Maximum 

likelihood

，

ML

），最大简约法（

Maximum 

parsimony

，

MP

），

邻

接

法

（

Neighbor-Joining

，

NJ

）

，

最

小

进

化

法

（

Minimum 

Evolution

，

ME

），类平均法（

UPGMA

）。与此同时相对应的软件

也出现，下图总结来源于网络：

我们今天就不一一介绍树状图的形成，如果实在没操作过那可以

参考下面的创建进化树数据的实例：

•

•

mafft 

--auto 

ggtree.fasta 

> 

ggtree_aligned.fasta##

序列的比

对

./FastTree ggtree_ aligned.fasta >ggtree_resource.tree ###

最大

似然法进化树构建

接下来就是我们今天的主题如何对获得进化树数据进行美化。需

要用到

R

语言的包

ggtree

。

包的安装我们就是不赘述了，请参考

bioconductor

安装方式。

首先我们看数据的导入。所用到的函数是

read.tree

。

主要的参数：

file

和

text

参数是相互补充的数据。如果设置了

file

就不用管

text

，

如果传入自己的文本数据那就会忽略

file

。

Skip

参数主要是在读入数据时需要忽略的前多少行。同时去掉后

面多少字符的则是

coment.char,

它会忽略此处设置的单个字符串以后

的数据。