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Rmarkdown第三弹
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代码输出
1. 行内代码
`r sin(pi/2)`
有趣的案例： 1）自动更新日期 date: "`r Sys.Date()`" date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`" date: "Last compiled on `r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"具体细节可参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/update-date.html 2）文本结合代码 这里一共有`r sum(x)`个人。 2. 代码块
R代码块一般通过{R}来插入，插入代码段的快捷键：win[Ctrl+Alt+I] / mac[option + cmd + I]。Rstudio其他快捷键可见Rstudio常用快捷键以及窗口操作有用技巧，Rstudio界面介绍可见：Rstudio界面介绍（上），Rstudio界面介绍（下）。 默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。关于代码段选项，详见https://yihui.name/knitr/options。 这里小编给出一些常用的选项，文字版本较难理解的话，请配合我的b站视频教程。 eval和include选项 加选项eval=FALSE, 可以使得代码仅显示而不实际运行。 这样的代码段如果有标签， 可以在后续代码段中被引用。 加选项include=FALSE， 则本代码段仅运行， 但是代码和结果都不写入到生成的文档中。 echo选项 echo参数控制了markdown是否显示代码块。若echo=TRUE，则表示代码块显示在markdown文档显示代码块；反之，代码块不出现在输出结果中。 ```{r echo=FALSE} print(1:5) ```结果为: ## [1] 1 2 3 4 5 collapse选项 一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中， 如果一个代码块希望所有的代码、输出都写到同一个原样文本块中， 加选项collapse=TRUE。 例如： ```{r collapse=TRUE} sin(pi/2) cos(pi/2) ```结果为： sin(pi/2) ## [1] 1 cos(pi/2) ## [1] 6.123032e-17代码和结果都在一个原样文本块中。 prompt和comment选项 prompt=TRUE 代码用R的大于号提示符开始。如果希望结果不用井号保护， 使用选项comment=''。 ```{r prompt=TRUE, comment=''} sum(1:5) ```结果为: > sum(1:5) [1] 15 results选项用选项results=选择文本型结果的类型。 取值有： markup, 这是缺省选项， 会把文本型结果变成HTML的原样文本格式。hide, 运行了代码后不显示运行结果。hold, 一个代码块所有的代码都显示完， 才显示所有的结果。asis, 文本型输出直接进入到HTML文件中， 这需要R代码直接生成HTML标签， knitr包的kable()函数可以把数据框转换为HTML代码的表格。例如：results='hold'的示例: ```{r collapse=TRUE, results='hold'} sin(pi/2) cos(pi/2) ```结果为: sin(pi/2) cos(pi/2) ## [1] 1 ## [1] 6.123032e-17 错误信息选项选项warning=FALSE使得代码段的警告信息不进入编译结果， 而是在控制台(console)中显示。 有一些扩展包的载入警告可以用这种办法屏蔽。 选项error=FALSE可以使得错误信息不进入编译结果， 而是出错停止并将错误信息在控制台中显示。 选项message=FALSE可以使得message级别的信息不进入编译结果， 而是在控制台中显示。 当然还有关于图片的设置，这个我们放到下面来说 当然你也可以通过Rstudio界面进行部分参数的设置（更加便捷）：
具体演示可见[b站]视频。 全局设置若markdown内的代码块存在一样的参数设置，则可以提前设计好全局的代码块参数。全局代码块通过knitr::opts_chunk$set函数进行设置，一般设置在YAML文件下方，具体见下图。 fig.show ：设置了图片输出方式 fig.show=‘asis’：表示plot在产生他们的代码后面 fig.show=‘hold’：所有代码产生的图片都放在一个完整的代码块之后 fig.show=‘animate’：表示将所有生成的图片合成一个动画图片 可以参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/animation.html fig.show=‘hide’：表示产生所有图片,但是并不展示 ```{r, fig.show='animate'} for (i in 1:2) { pie(c(i %% 2, 6), col = c('red', 'yellow'), labels = NA) } fig.width：设置图片输出的宽度fig.height：设置图片输出的高度fig.align 设置图片位置排版格式，默认为left,可以为right或者centerfig.cap ：设置图片的标题fig.subcap：设置图片的副标题out.width和out.height选项指定在输出中实际显示的宽和高，如果使用如"90%"这样的百分数单位则可以自动适应输出的大小。 2.插入外部图形文件如果一个图不是由一个R代码块生成的，你可以用两种方式包含它: 方法一使用Markdown语法，你可以使用width和height属性来设置图像的大小，例如: {width=50%}注意：图片文件放的位置（如果和rmd同一目录，则可以直接xxx.png；如果在其他位置记得加上相对路径）。
在source editor情况下，直接外部拉入图形即可，会自动保存在相对文件夹的images文简介中，或者点击图形按钮导入。 在这里插入图片描述 方式三在代码块中使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成的图形的情况相同。 ```{r, echo=FALSE , out.width="50%"} knitr::include_graphics("xxx.png") ``` 表格输出 1. 外部表格输入 markdown格式
在这里插入图片描述 2. 内部代码输出的表格例子：计算线性回归后， summary()函数的输出中有coefficients一项，是一个矩阵， 如果直接文本显示比较难看： x |
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