用phyML对多重比对phy文件来构建进化树 |
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本来还没这么快写进化专题的,但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件,看看能否生成树,我就试用了一下phyml这个软件,挺简单的。 一、下载并安装该软件 这是一个很简单的软件,我们直接下载它的二进制程序就可以直接使用啦,官网里面的压缩包里面有各种平台的二进制程序,我这里用linux64的。 wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip unzip PhyML-3.1.zip 二.准备文件 它需要的phy格式的多重比对结果文件,一般是clustalW或者muscle比对的结果 可以看到是53个蛋白,多重比对后的公共序列长度是325个氨基酸。 三.命令 ./PhyML-3.1_linux64 -i test.phy -d aa -b 1000 -m LG -f m -v e -a e -o tlr 这些参数在运行的时候都会显示出来 具体解释见博客 http://www.chenlianfu.com/?p=2221
四,输出文件 这个时间会很久,大家有心里准备!!!总共会输出四个文件, test.phy_phyml_tree.txt : 最大似然法构建的进化树 test.phy_phyml_boot_stats.txt : bootstrap 的统计信息 test.phy_phyml_boot_trees.txt : bootstrap 树 test.phy_phyml_stats.txt : 程序运行的中的参数和结果统计
然后我们的那个test.phy_phyml_tree.txt 就可以用figtree等软件画图啦!!!
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