UP有点回复不过来私聊消息了，我根据以往私聊的问题进行汇总，希望大家可以找到答案。如果没涉及到，请大家把自己的问题发在评论区。注意，我在解答这个问题后，可能会删评论哦。本专栏文章将长期更新，不定期更新，祝大家科研顺利。

一、安装篇

2022年11月17日投稿：

按照autodock安装视频的操作，我安装了python2.5版本，之后要下载pymol，但是好像没办法运行，我看了一些方法，又下载了一个2.7版本的python，但是还是运行不了pymol。

答：2022年11月17日，up主在一台新电脑上下载了最新的autodock和PYMOL，各自安装好。并且未下载和安装pythom2.5版本（这台电脑此前没下过python），随便选择一个配体和受体，是可以运行autodock和pymol的，而且能成功对接，如下图所示。之所以能正常运行，是因为安装autodock时，安装包里自动安装了python2.7；安装PYMOL时，安装包里自动安装了python3.7。目前经测试，两者是可以兼容的。所以大家可放心对接。

二、Autodock（Vina）操作篇

Q1 小分子选为配体时报错

看看加G电荷后还会不会报错，具体见Autodock视频集P6

Q2 给配体检测扭转键出现报错

网友“Leisure安逸”提供的解决方法：

首先需要在read molecule打开mol2的小分子，然后加氢加电荷，然后再choose，在检测扭转 在保存就可以了

Q3 为什么我两次一模一样的操作，对接结果不一样？或者和文献里的结果不一致？

Autodock在每一次对接时，它的算法会根据我们对对接的参数设置产生数量庞大的模拟对接结果，所以很难保证两次一模一样的操作能恰巧命中同一个模拟结果，所以会导致结合能、对接位点的氨基酸出现偏差。但不要灰心，因为在相同的对接区域（或活性中心）内，结合能不会相差太大，且对接位点也基本只局限在这个对接区域内。见P11

Q4 为什么Run Autogrid一闪而过

可能工作目录文件夹名字或上一级文件夹名字中含有中文或空格，也可能是gpf文件中的参数有问题。见P14

Q5我可以拿一个蛋白同时对接两个小分子吗

我搜了国外论坛，autodock应该是不可以同时对接的，但发现有人建议先拿蛋白和一个对接形成复合物，然后再拿复合物和另一个对接，以下为我找的外网帖子，供参阅。

1：Is there a way we could dock multi protein with a ligand??https://www.researchgate.net/post/Is_there_a_way_we_could_dock_multi_protein_with_a_ligand

2：Multiple ligands in autodock?

https://www.researchgate.net/post/Multiple_ligands_in_autodock

3：How can i dock two ligands with one protein (having two different active sites) using Autodock 4.2?

https://www.researchgate.net/post/How-can-i-dock-two-ligands-with-one-protein-having-two-different-active-sites-using-Autodock-42

Q6 我的蛋白太大了，盲性对接时gridbox不能将它包裹住该怎么办？

对接两遍，第一次包裹住蛋白的一边，第二次包裹住另一边，取结合能优秀的结果。

Q7 结合能较低，但没有氢键生成，我该怎么办？

一次对接中往往包含10次对接结果，可以切换下一个构象，直到有氢键生成。

Q8 我的蛋白为什么在autodock界面显得十分黯淡？

这个问题我从出autodock视频集开始就遇到了，也没解决好，希望大家能帮我解答！！！

2021.11.24更新

感谢网友“歪你风车没人头”与TA的朋友提供的对于win10系统的解决方案

Step1：在桌面鼠标右键打开显示设置，往下拉找到图形设置

Step2：在图形设置里点浏览，再添加MGLtools文件夹里的python.exe。（提示：如果你将autodock默认安装在C盘，那么MGLtools文件夹的路径为C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6）

Step3：换掉默认的intel图形处理器

Step4：回到autodock，或重启autodock，显示如下

提供一下他们找到的原答案出处

Q9 为什么要去PYMOL计算RMSD，而不是取autodock结果中的refRMSD？

RMSD一般取对接前小分子的原子参数与对接后的进行计算，PMYOL可以做到这点。然而，autodock的refRMSD是拿对接后的第一个构象中小分子的原子参数与其他对接后产生的各构象中小分子的参数进行计算，大家可以看一下第一个构象里的refRMSD，显示为0，这是不合适的。

三、PMYOL篇

Q1 我的蛋白加氢时出现报错，

此时可以考虑去PYMOL加氢哦，如下图所示

Q2 在puchem上下载了sdf格式的文件，使用OpenBable转化格式后，用pymol打开发现是2D结构（此问题与解决方法由“来一大碗米皮”网友提供）

答：用OpenBable转化之后我发现，输出的pdb反而是2D结构了，然后发现用chem3D打开pdb发现还是平面的！此时可以用chem3D将原分子输出为pdb格式，而且是3D结构的pdb

Q3 pymol打开蛋白后颜色黯淡无光，工具栏中setting-Rending-Open GL2.0 Shaders ，将其取消勾选即可（解决方法由网友“guanxin9z”提供）

四、数据库篇

五、其他

Q1 来自网友：up主您好，我做的是一个小分子药物，我的老师希望我找到这个小分子药物的靶蛋白，我通过一些预测软件找到了一些目标的靶蛋白，但是这些预测软件都是基于别人发表的文章和结构的相似性来预测的，我的老师让我去做分子对接，之后做核磁去验证，但是我陷入了矛盾之中，就是我看了您的视频，我自己的感觉来说呢，我觉得是只要任何一个受体具有和配体可以对接的条件，软件都可以给它用各种方法对接成功，即使我增加对接次数，找到更低的结合能，但是我感觉说服不了我自己，我想要得到一个对比，凸显自己选择靶蛋白的对接优势性，或者说对对接结果有一个更详细的，客观的分析，让别人觉得我选择的小分子配体确实优先和我选择的靶蛋白结合，所以您能给我提一些建议吗，我在这方面也是一直在摸索，和您比起来知之甚少，是怎样可以更深入的分析对接结果呢(直观的呈现给别人，告诉别人我为什么优先选择这个靶蛋白)，目前我有看到用discovery studio，您可否给我提一些建议呢，用什么方法可以深入分析或者还是用多分子对接进行筛选比对呢？因为这个问题对我科研的目的困扰很久，真诚的希望您回复，谢谢您

答：

1你可以考虑和多个对接，然后看它们的结合能和你的靶蛋白相比，是不是绝对值低一些，但要记住的是，分子对接只是模拟，不能说明正常情况。

2所以你可以去搜文献，查数据库，首先明确你的小分子的作用机制，以及它能影响什么生物进程，然后根据你的课题，找那个生物进程

3看看你的靶蛋白，是不是和这个生物进程有密切关系，它在什么通路上，是通路上游还是下游，它在这个通路里是否发挥着重要作用。

4它分布于组织的哪里，分布广泛吗，和其他蛋白相比，它在生理或病理状态下的表达量是不是较高呢

5这个靶蛋白到底是什么东西，细胞表面，还是核蛋白，那么现实中小分子和它结合容易吗，需不需要跨膜

6这些都能说明的，以上这都不是分子对接能够办得到的事情，因为这些资料很难通过一个计算机软件去算出来打分，就算有分数，也很难和其他蛋白进行比较，说服力也不一定高。所以需要你去查阅pubmed，ncbi，uniprot等等很多数据库