许多疾病与基因序列有关。简单地说，当为了指导诊疗，需要获取大量（10 个左右或更多）基因序列信息进行诊断或评估时，考虑进行 NGS 测序。

NGS 测序能够迅速进行大量基因的测序，但大量基因的测序费用昂贵，所以要谨慎权衡 NGS 测序的经济负担和可提供的信息。

有时候只需要测几个基因，完全可以用其他更廉价的基因检测手段。当可提供的信息对患者的评估与治疗可能有充分指导意义时，才应进行对大量基因的 NGS 测序。

如果临床评估的对象需要检测的基因数量只有一个或者几个，可以使用其他基因检测方式（如 PCR 技术，可以检测某个特定的目标基因是否存在）得出足够指导治疗的结论，那么一般就不适用于 NGS 测序。

在对复杂疾病或罕见病的诊疗中，如果快速获取有关基因序列意义重大，那么 NGS 测序就是最好的方法。

许多复杂疾病或罕见病与基因序列有关。对于这一类疾病，医生依据症状和其他辅助检查，多数情况下可以有初步考虑的诊断。但临床情况多变复杂，要确诊需要基因检测。NGS 测序大大提高了诊断复杂疾病和罕见病的效率和准确性。

例如：

1. 疑似遗传性疾病的筛查

对于一些有家族史的家庭，特别是有明确的恶性肿瘤家族史的情况，对于疑似存在恶性肿瘤综合征的患者需要进行相关检查以明确诊断，以识别风险，指导预防和监测策略。如：

（1）对于有前列腺癌或胰腺癌家族史的个体； （2）对于有遗传性乳腺癌和卵巢癌综合征风险的个体； （3）对于有遗传性胃肠道癌症风险的个体； （4）对于有家族性急性白血病综合征风险的个体； （5）对于有遗传性骨髓衰竭综合征风险的个体。

2. 恶性肿瘤的评估

对于恶性肿瘤，需要仔细评估 NGS 测序的成本与带来的信息。这里先要说的是「临床可行性」这一概念，临床可行性越高，对该基因进行 NGS 测序越有意义。

本文采用欧洲肿瘤学会（ESMO）制定的分子靶标临床可行性量表(也就是 ESCAT 量表）的评价结果。以下对恶性肿瘤的 NGS 测序进行分类讨论：

（1）晚期非小细胞肺癌：晚期非小细胞肺癌分为晚期非鳞状非小细胞肺癌和晚期肺鳞状细胞癌。

对于晚期非鳞状非小细胞肺癌，建议通过肿瘤组织（首选）或血浆样本来检测 EGFR、ALK、MET、BRAF、ROS1、NTRK、RET，并根据检测的结果进行符合抗肿瘤药物适应证的用药；对于晚期肺鳞状细胞癌，不建议进行常规的 NGS 测序。同时，不建议此类患者根据 NGS 测序采用超适应证用药。

如果选择参与进行临床试验或经济条件好，晚期非小细胞肺癌患者可以开展更多位点的 NGS 测序。

如果经济条件好，还可以选择对晚期非小细胞肺癌检测肿瘤突变负荷（TMB），这将相对以上的套餐增加 1 万元以上的费用，但需要注意临床指导意义可能有限。

需要注意，更多位点的 NGS 测序以及 TMB 检测并非必须要做，如果感觉有经济压力，只要做 EGFR、ALK、MET、BRAF、ROS1、NTRK、RET 几个基因的 NGS 测序即可。

（2）晚期前列腺癌：如果患者可以用得上 PARP 抑制剂（一类对肿瘤细胞有抑制作用的靶向药物），应至少对 BRCA 1/2 突变进行基因检测，也可考虑检测 PTEN 基因突变。只有在患者充分知情同意、考虑到患者总体获益的基础上，才可以谨慎地进行针对更多基因的 NGS 测序。

（3）晚期胆管癌：NGS测序可用于检测晚期胆管癌患者的 IDH1、FGFR2、微卫星高度不稳定（MSI-H）、NTRK 融合。

只有在患者充分知情同意、考虑到患者总体获益的基础上，才可以谨慎地进行针对更多基因的 NGS 测序。

（4）晚期卵巢癌：NGS 测序可用于卵巢癌患者检测 BRCA 1/2 体细胞突变。只有在患者充分知情同意、考虑到患者总体获益的基础上，才可以谨慎地进行针对更多基因的 NGS 测序。

（5）检测肿瘤突变负荷（TMB）：指每百万碱基中被检测出的，体细胞基因编码错误、碱基替换、基因插入或缺失错误的总数。

TMB 检查有助于判断免疫治疗的效果。TMB 检测不是针对单一基因，而是需要做大量基因的基因检测，因此价格昂贵，一般在 1.5 万元以上。以下分类讨论。

① 对于宫颈癌、未获得药物治疗的子宫内膜癌、外阴癌、唾液腺癌、甲状腺癌、小细胞肺癌、高分化或中等分化的神经内分泌肿瘤，如果之前先进行过的免疫组化中患者抗 PD-1 抗体阴性，则有指南认为可使用 NGS 测序检测肿瘤突变负荷（TMB），但尚有争议。目前的研究显示，在上述几种恶性肿瘤中， TMB 高的患者免疫治疗效果较好。

② 除了上述恶性肿瘤，肿瘤突变负荷在黑色素瘤、非小细胞肺癌和出现转移的头颈部恶性肿瘤中，也对患者的预后有提示作用，但临床指导意义可能有限。也就是说，在黑色素瘤、非小细胞肺癌和出现转移的头颈部恶性肿瘤患者中，TMB 检测并非必须要做。

③ 由于缺乏足够的临床意义，目前不推荐食管癌、胃癌、结直肠癌、尿路上皮癌、脑恶性肿瘤患者检查 TMB ，除非参与临床试验，无需自费的情况下。

（6）存在 NTRK 融合的患者可以使用 TRK 抑制剂（针对 NTRK 融合的靶向药物）

但是，我国大陆地区目前暂时没有获批上市的 TRK 抑制剂，香港有上市的药品，价格昂贵；仅有 ＜1% 的恶性肿瘤中存在 NTRK 融合阳性；可以使用更便宜的其他基因检测方式检测 NTRK 融合。因此，除前文有推荐进行NGS测序的肿瘤种类外，不常规推荐使用NGS测序检测 NTRK 融合。

（7）肿瘤会转移：有时候，医生观察到患者在多个器官存在肿瘤病灶，但并不知道恶性肿瘤最开始是哪个器官长出来的，哪个是肿瘤后续转移的。这时候，可以使用 NGS 测序确定原发恶性肿瘤。

（8）转移性结肠癌：一般不需要进行 NGS 检测，所需的基因检测可以通过 PCR 确定。在患者不必支付额外费用或患者有强烈意愿的条件下，可以考虑进行 NGS 测序，并检测 ERBB2、NTRK、MSI 的更多信息。

（9）晚期胰腺导管癌：一般不需要进行 NGS 检测。考虑到晚期胰腺导管癌的医疗需求和存在大量临床可行性不高的突变，研究中心可在充分保障患者方知情同意权的条件下，向患者方提出进行 NGS 测序，以便患者获得尚在临床试验中的新药。如果不进行 NGS 测序，MSI 和 NTRK 融合可以使用廉价的方式测定。

（10）晚期肝细胞癌：一般不需要进行 NGS 检测。考虑到晚期肝细胞癌的医疗需求和存在临床可行性不高的突变，研究中心可以在充分保障患者方知情同意权的条件下，向患者方提出进行 NGS 测序，以便患者获得尚在临床试验中的新药。如果不进行 NGS 测序，MSI 和 NTRK 融合可以使用廉价的方式测定。

（11）转移性乳腺癌：一般不需要使用 NGS 检测，诊疗所需的基因信息通过免疫组化和常规的 PCR 即可获取。转移性乳腺癌的患者一般无需为 NGS 检测付出更多费用。

（12）转移性胃癌：胃癌的检测首选通过传统的免疫组化、原位杂交（ISH）、PCR 等方式。但这些方式有时可能由于活检的样本有限或无法取传统的组织活检而难以实施。这时可以使用 NGS 测序的方式，对胃癌样本进行基因检测。

样本方面，首选取胃癌的组织活检进行 NGS 测序准确。对于转移性胃癌患者，胃癌细胞可能由肿瘤组织上「掉落」进入血液。因此，当转移性胃癌患者的情况不允许取胃癌组织进行活检时，可以考虑使用血液样本进行 NGS 测序，以了解胃癌的基因情况。但是，这样的血液检测结果不够准确，所以必须谨慎解读。

（13）对于正在进行一线治疗的非血液系统恶性肿瘤患者

如果有标准治疗方案，那么除晚期非鳞状非小细胞肺癌、晚期前列腺癌、晚期胆管癌、晚期卵巢癌外，不需要进行 NGS 测序，只需要通过 PCR 进行检测即可。对于可选治疗方案少或指南鼓励临床试验的患者，NGS 测序可能有帮助。

（14）对于血液系统的肿瘤：如白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤等，涉及基因众多，而且互相之间往往差异明显，情况高度复杂。不仅是个体之间存在差异，即使是同一个体的不同肿瘤细胞之间也存在差异。在血液系统恶性肿瘤的进展过程中，也会发生基因突变情况本身的改变，如新的基因突变或原有的基因突变丢失。在这样复杂的基因改变面前，NGS 测序在传统的 PCR 或第一代测序面前有着显著优势。

因此血液肿瘤患者可以根据具体情况，在医生的指导下，采取包括 NGS 测序在内的基因检测手段。

（15）作为患者，需要认真考量 NGS 测序的必要性

而如果选择了 NGS 测序，也需要认真对待测序的基因数量（套餐大小）与成本的平衡问题。在经济条件不好的情况下，能够用其他基因检测方式达到的效果，就不必使用昂贵的 NGS测序；可以用小「套餐」达到的效果，就没必要做大「套餐」。

感染，由细菌、病毒、真菌、寄生虫等生物导致，这些生物被称为「病原生物」。不同病原生物有着不同的应对方式。对于感染来说，明确是什么病原生物导致的、了解哪些药物对病原生物有效，往往很重要。

我们有常规的检验方法去了解究竟是什么病原生物导致的感染。包括：

（1）分离培养

先取样本进行分离培养，然后通过形态特征和相关生化反应的结果，判断具体病原生物、进行药物敏感试验。但是，这样的分离培养往往耗时巨大，并且漏测的风险相对高。此外，病毒以及细菌中的某些种类几乎无法进行分离培养。

（2）免疫试剂

速度快，检验科 1 小时内即可出结果。但是往往需要等感染后一段时间才能通过免疫试剂得出结论。此外，免疫试剂本身的准确性也不高。

（3）PCR 核酸检测

准确性高，24 小时内即可出结果，如果加急仅需 4 小时。PCR 原理的核酸检测在新冠疫情中被广泛使用。但是，PCR 核酸检测只能验证是否为已知的病原生物感染。如果并没有病原生物的明确的「嫌疑人」，那么 PCR 核酸检测就需要耗费大量时间一个一个测过去。

以上这三类方法比 NGS 测序要便宜。因此，不建议常规对感染患者进行 NGS 测序。

但常规检验方法有着自己的局限性。当常规检验方法无法得出结论，NGS 测序能更快获得有利的信息时，就应当考虑对感染的病原体进行 NGS 测序。

目前没有充分证据支持在健康人群中进行 NGS 测序有益。有机构向健康人群开放 NGS 测序，在充分知情同意的前提下，确实有个人意愿、经济宽裕且机构能保护隐私，可以进行 NGS 测序。