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跟SCI学heatmap
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ComplexHeatmap可以绘制很复杂的热图，能满足日常以及文章所需，ComplexHeatmap|绘制单个热图-I介绍了单个热图绘制的内容，本文介绍一下文章常见的复杂热图的绘制方式，含代码。 文章比较长，建议耐心看一下，也许就有你需要的热图。 一 载入R包 数据 1.1 载入ComplexHeatmap包，数据为更贴近生信使用场景，直接使用内置的基因表达数据 代码语言：javascript复制library(ComplexHeatmap) expr = readRDS(paste0(system.file(package = "ComplexHeatmap"), "/extdata/gene_expression.rds")) #查看数据 str(expr) expr[1:4,c(1:4,25:27)] 拿到一个新数据后，除了检查[1:4,1:4]外，也许还需要看看最后几列，另外还需要观察列名称的规律。 去除最后几列，或者只选取列名字包含cell的（TCGA数据处理中也会经常遇到） 代码语言：javascript复制mat = as.matrix(expr[, grep("cell", colnames(expr))])1.2 绘制最简单的热图代码语言：javascript复制Heatmap(mat)二 常见“表型”注释 文献中经常见到的就是在热图的top 或者 bottom位置添加样本的变异信息，临床信息等的注释，本节介绍如何实现以及常见的设置。读入注释文件代码语言：javascript复制anno |
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