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文章目录
一、描述符计算模块
1.rdkit.Chem.Lipinski模块
2.rdkit.Chem.Descriptors模块
3.rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors模块
二、原子描述符可视化
1.原子partial charge可视化
2.原子logP可视化
一、描述符计算模块
1.rdkit.Chem.Lipinski模块
rdkit中提供了许多描述符的计算方法，可用于分子筛选、成药性评估等。以lipinski类药的相关规则为例，可以通过rdkit.Chem.Lipinski模块进行计算。常用的一些性质举例：
氢键受体数NumHAcceptors
氢键供体数NumHDonors
可旋转键数NumRotatableBonds
脂肪环数量NumAliphaticRings
芳香环数量NumAromaticRings
SP3杂化碳原子比例FractionCSP3
……
>>> from rdkit import Chem
>>> from rdkit.Chem import Lipinski
>>> mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1C(=O)O')
>>> Lipinski.NumHAcceptors(mol)
1
将描述符名称(key)和值(val)添加到分子属性中：m.SetProp(key, val)
获取分子属性：m.GetProp(key)
>>> Ha = Lipinski.NumHAcceptors(mol)
>>> mol.SetProp('Ha', '%s'%Ha)
>>> mol.GetProp('Ha')
'1'
2.rdkit.Chem.Descriptors模块
大部分的描述符都可以通过rdkit.Chem.Descriptors模块进行计算。该模块也包含了Lipinski的描述符。常用的一些描述符举例：
分子量MolWt
脂水分配系数MolLogP
拓扑极表面积TPSA
以计算TPSA为例：Descriptors.TPSA()
>>> from rdkit.Chem import Descriptors
>>> print(Descriptors.TPSA(
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