这好像是两个问题了，标题是一个问题，内容是另外一个问题。

好吧，一个一个回答把。

首先电纸书那种格式好？这个问题有点问的太笼统、太宽泛了。因为你没有说清楚，你的使用环境、使用需求等信息，包括后面问的第二个问题，也是这个“毛病”！

我个人观点（强调是个人观点，不要引战）可以把文档格式分成三大类，一个是基础格式、一个是主流电纸书格式、一个是专门软件或小众格式。

第一个基础格式就应当指的是TXT和CHM两种格式了（当然有人不认同CHM，所以我说是个人观点），这两种格式都是远古流传下来的，一个是百分百的纯文本，不包含任何格式、目录等信息。另一个是windows的官方说明文档指定文件，现在还有不计其数的说明书、问题集在使用，文档中也只包含基础信息，不包含现在主流文档中的各种牛B功能。

第二个主流格式，就包含你标题中提到的PDF、epub、mobi等。顺便加上一个azw3。

其中pdf是一个比较特殊的存在。他压根就不是为电纸书存在的格式，它是为了纸质书存在的。从他出身的地方就知道，“印刷前置文本”。不知道各位读者老爷和题主大爷注意到没有，PDF的各种特性放在电纸书中，放在电脑、手机、平板上，就是反人类的存在。不可以更改、不可以改变排版方式、不可以改变字体等等。这些都是因为，PDF是图书印刷出版的前置格式，本来就是为了防止修改，防止不同系统、不同电脑、不同印刷设备而导致印刷变形的一种强制措施。如果不是因为大量的印刷书籍都只有PDF格式，估计随着交互式文档渐渐兴起，PDF早就开始没落了吧

epub是个好东西，也是现在最为主流的电纸书格式。为什么，两个原因，一是开源，二是内容丰富。所以说，开源是个好东西呀！一开源，就没有版权问题，谁都可以用，谁都可以把自己的东西塞进去，那么市场上这个格式的内容就大大的丰富了。内容丰富是什么意识呢？他支持的内容多呀。除了文本、图片、目录、框架之外，还可以至此音频、视频，甚至新版的还至此部分交互式内容了。

mobi和azw3.这两货都是亚马逊弄出来的专有格式，其中mobi和epub无限接近，不过在复杂排本方面，还是有不小差距的。至于azw3格式，你没有亚马逊的kindle，估计都很少留意到这玩意。其实说白了，就是亚马逊觉得mobi跟不上时代了，被epub甩的太远了，而mobi先天不足，于是另起炉灶，弄了一个azw3出来，它本质上来说就是一个KF8，加上了html5和css3的支持，在复杂排版上已经追上甚至超越了epub格式（所谓超越也是要加引号的，只有部分功能超越，而且因为epub是开源的，随着时间推移，会自动增强哦），但是azw3也是超级封闭的格式，基本是亚马逊独家使用。现在亚马逊提供的电纸书，基本都是azw3格式的，mobi已经被亚马逊抛弃了。

第三个说的是专门软件和小众格式

这个没有什么好说的，专门（专业）软件，用的人肯定知道，不用的人说了也记不住，例如Caj，知网上的论文标准；PDG，超星的电子书标准，谁用谁知道，不用鬼知道！

小众格式或者远古格式，prc，plam原来的电纸书格式，jar，谁用谁知道的玩意。其实chm也可以归到这一类，不过因为windows的巨大影响力，所以我把它归到第一类了。

所以说，如果你不是有专业需求，就不要追求pdf格式了。epub它不香吗？！

第二个问题，用什么软件好。

呵呵，你倒是说说你用的什么设备看书呀！你看书有什么习惯呀！有什么需求呀！

从你的问题连蒙带猜的，估摸着你用的是安卓手机或者平板看pdf格式，顺便喜欢划重点、做笔记的主。其实Repligo挺好的，你用习惯了，就接着用呗！

如果要问我用啥，我用电纸书的。文石自带系统，看书做笔记杠杠的！

如果一定要安卓上推荐一个，非静读天下莫属了。功能巨多，性能超强。只有你想不到的，没有他做不到的。多文种支持、多格式支持、多平台支持。唯一不好的就是设置太多、太细致，新手可能迷失在设置的汪洋大海中，被各种参数弄花眼。