我正在尝试绘制问题“Collat​​z Conjecture”的数字，该问题在数字(节点标签)之间形成一个很好的网络。然而，在使用 networkx nx.spring_layout(G) 的解决方案的最终图中，我得到了重叠的边和节点:

nx.spring_layout 配置为(通过试验和错误):

考虑到绘图窗口中有足够的空白空间，是否有特殊方法可以防止这种重叠？在这种情况下，节点大小由以下值决定:len(G.neighbors(node)) 没有节点拥有超过 3 个邻居，并且最大节点大小上限为 300，以进一步防止重叠。 奇怪的是，对于较长的分支，这似乎处理得相当好，但对于图像中的 [24,12,6,3,10] 等分支，它无法充分划分该分支，在其他情况下它完全重叠。请告知我是否应该使用除 nx.spring_layout(G) 之外的其他布局，这可能会更好地处理这个问题。

最佳答案

了解 DYZ 关于使用 graphviz_layout() 的非常有用的评论，我想我应该在这里分享我的经验，以防其他人遇到类似的问题，因为进行此设置并不完全简单(至少对我来说，在 Ubuntu 16.04 上):

我找到了sudo pip install pygraphviz不起作用，因为它找不到所需的文件之一。然后我尝试了 sudo apt-get install graphviz libgraphviz-dev pkg-config接下来是 sudo pip install pygraphviz (感谢 this suggestion )，看起来它工作正常(即安装成功)，但我仍然无法使用 graphviz_layout()通过 NetworkX。所以，我卸载了pygraphviz ( sudo pip uninstall pygraphviz )并按如下方式再次安装(感谢 this thread 上的提示):

sudo pip install pygraphviz --install-option="--include-path=/usr/include/graphviz" --install-option="--library-path=/usr/lib/graphviz/"

这确实有效，并且可以使用 graphviz_layout() 进行可视化与使用 NetworkX 的 spring_layout() 相比，节点重叠似乎更少，以及更美观的边长和簇间距方法。

关于python - 使用 NetwrokX/Matplotlib 防止边和节点重叠，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/46031272/