maker是一个比较强大的基因组注释pipeline软件，其可以整合多种数据库、软件对基因组进行注释。

maker使用MPI库编写软件，能最大限度利用集群所有计算资源，极大地缩减了基因组注释所需的时间。

使用maker，测试了水稻MH63的11号染色体(MH63 Chr11)，32MB左右，申请资源20*6核心，大约4小时就可以跑完。

https://github.com/Yandell-Lab/maker

载入maker，如果没有特殊需求，建议载入最新的版本。

如果是第一次使用，需要先运行maker -CTL生成配置文件，然后在maker_opts.ctl中添加对应的genome、protein、est文件等。

LSF并行环境下运行，申请100核(-n 100)，每个节点20核(-R "span[ptile=20]")，同时使用5个节点(100/20)，这种模式必须使用parallel队列(需要向管理员申请开通队列使用权限)。

maker运行时一次申请核数过多会导致排队时间较长，对于一般基因组，建议申请100核即可。

资源非常紧张时，建议将染色体拆分，每个染色体跑一个maker作业，每个作业申请几十核，最后再合并结果。parallel队列每人只能使用120核。

见 augustus

maker运行过程中会出现FAILED的情况，如下所示。这种情况作业不会停下，但软件处于空跑状态，没有结果更新。

因此在跑maker的过程中需要及时关注prefix_round1_master_datastore_index.log运行日志的输出，以免因程序运行出错导致浪费太多资源和时间。

出现FAILED的情况时，对于小基因组，建议杀掉作业直接重跑，或者调整参数再重跑；对于大基因组，建议将出错的染色体单独重跑，然后再合并结果。

MAKER Tutorial for WGS Assembly and Annotation Winter School 2018

Genome Annotation using MAKER

基因注释：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline

Using MAKER for Genome Annotation

Genome Annotation and Curation Using MAKER and MAKER-P