单细胞学习之细胞周期分析 |
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单细胞学习之细胞周期分析
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一、细胞周期 https://teachmephysiology.com/biochemistry/cell-growth-death/cell-cycle/https://www.genome.gov/genetics-glossary/Cell-Cycle1、概念cell cycleA cell cycle is a series of events that takes place in a cell as it grows and divides.即描述细胞生长、分裂整个过程中细胞变化过程。最重要的两个特点就是DNA复制、分裂成两个一样的子细胞。 2、阶段phase如下图，一般分成4个阶段 G1(gap1)：Cell increases in size(Cellular contents duplicated)S(synthesis) ：DNA replication, each of the 46 chromosomes (23 pairs) is replicated by the cellG2(gap2)：Cell grows more，organelles and proteins develop in preparation for cell division，为分裂做准备M(mitosis)：'Old' cell partitions the two copies of the genetic material into the two daughter cells. And the cell cycle can begin again. 3、scRNA-seq与cell cycle在分析单细胞数据时，同一类型的细胞往往来自于不同的细胞周期阶段，这可能对下游聚类分析，细胞类型注释产生混淆；由于细胞周期也是通过cell cycle related protein 调控，即每个阶段有显著的marker基因；通过分析细胞周期有关基因的表达情况，可以对细胞所处周期阶段进行注释；本篇笔记主要学习两种来自scran与Seurat包鉴定细胞周期的方法介绍与演示。在单细胞周期分析时，通常只考虑三个阶段：G1、S、G2M。(即把G2和M当做一个phase) 二、示例数据http://bioconductor.org/books/release/OSCA/cell-cycle-assignment.html#motivation-12 单细胞数据来自scRNAseq包的LunSpikeInData。选这个数据集是因为It is known to contain actively cycling cells after oncogene induction.该数据包含192cells，46604genes；实验及部分注释信息已经提供：是研究embryonic stem cell(ESC)胚胎肝细胞经癌基因诱导前后的变化。数据前处理主要(主要基于sce对象的操作，具体之前OSCA的学习笔记，不再细述了)library(scRNAseq) sce.416b |
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