生殖器疱疹可导致生殖器和／或肛门区域疼痛性水疱。女性患者可在阴道内或宫颈上出现体内水疱。体内水疱疼痛较轻，且无法看到。水疱发生在患者感染后 4～7 天。水疱消失，但可能复发（再发），因为病毒从未真正离开身体。由初次生殖器感染引起的水疱通常比由复发性感染引起的水疱更痛、持续时间更长且分布更广。

对于免疫缺陷的患者，复发性口腔及生殖器疱疹会导致进行性逐渐扩大的溃疡，需要数周才能愈合。感染可在体内进展，侵犯食管、肺或大肠。肺部的感染会导致肺炎，引起咳嗽及气短。

有时HSV-1或HSV-2通过指尖的皮肤破损进入机体，引起指尖肿胀、疼痛、发红（疱疹性瘭疽）。接触唾液或其它机体分泌物的医务人员（如牙科医生）未带手套时最常出现该种感染。

P. MARAZZI 博士／科学图片库

HSV-1 可感染眼角膜。这种感染（称为单纯疱疹性角膜炎）可引起疼痛性溃疡、流泪、光敏感及视力模糊。时间久后，特别是不经治疗的话，角膜会变浑浊，导致视力显著下降。

患有称为特发性湿疹的皮肤疾病的婴儿或成年人可能会在患有湿疹（疱疹性湿疹）的皮肤区域发生严重的 HSV感染。因此有特发性湿疹的人应尽量避免接触任何活动性疱疹病毒感染者。

HSV 可感染脑部。这种感染（称为疱疹性脑炎）表现为神智错乱、发热和癫痫发作，可致死。

较少发生的是孕妇也可传播 HSV 给婴儿（称为新生儿疱疹）。这种传染常常发生在生产过程中，婴儿在通过产道时接触有传染性的分泌物而被传染。罕见的是单纯疱疹病毒可以在妊娠期传染给胎儿。以下情况时，分娩过程中更有可能发生传播

母亲近期感染疱疹

母亲的阴道部位有明显的疱疹溃疡，不过即使母亲没有明显的溃疡，孩子也可从母亲那里获得感染

如果是在出生时获得，感染会在出生后第 1 周和第 4 周之间出现。新生儿获得 HSV感染后会病得很重。他们可出现全身性疾病、脑感染或皮肤感染。不予治疗的话，约 85% 的全身性疾病患儿和约半数的脑感染患儿会死亡。即使治疗的话，很多也会出现脑损伤。