单细胞技术正在加强我们对细胞本身的理解。什么是细胞类型，不就是基因选择性表达的结果吗？而基因的选择表达受到一系列的转录调控，在这个意义上，细胞命运背后的驱动力在于各自转录因子表达的程序化及其靶标基因。有的细胞类型里面是不是有其特异的转录因子呢？

我们不止一次提过，细胞的特征由其表达的基因描述。

所以在单细胞数据分析中，比较重要的一步就是拿到某一群细胞的差异基因（一般是 one to others的方法）。然后，由这个基因集来推断细胞的特征，而基因的表达受到转录因子的调节。不同的转录因子调控不同的基因，进而使细胞表现出不同的状态或类型。进一步地说，细胞保持其状态又需要表观遗传信号来维持。拿到基因集之后，我们要描述该亚群的特点就转变为基因集的特征。本文我们继续跟着SCENIC的内核，来基于基因集分析转录因子（Transcription factor ，TF）。在我们应用工具的时候，往往困难的不是如何使用工具，而是为什么要用？

今天我们介绍的RcisTarget是一个R-package用于识别基因列表中转录因子(TF)的结合基序（binding motifs ）。首先我们获得一个基因列表：