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跟着 Nat Med. 学作图 | GSVA+limma差异通路分析+发散条形图
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Lambrechts D, Wauters E, Boeckx B, et al. Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment[J]. Nat Med, 2018, 24(8): p. 1277-1289.
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最近很多同学在后台说要讲一下这个图，今天来简单写一下。 Gene Set Variation Analysis(GSVA)被称为基因集变异分析，是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果。主要是通过将基因在不同样品间的表达量矩阵转化成基因集在样品间的表达量矩阵，从而来评估不同的代谢通路在不同样品间是否富集。通常用于单细胞转录组中，不同细胞类型的差异基因集的比较。 GSVA流程示意图。doi:10.1186/1471-2105-14-722 示例数据及代码领取详见：https://mp.weixin.qq.com/s/udBYwaFY_VpPGcJO0OH1Zg GSVA 导入示例数据 ## 为正常和肿瘤的内皮细胞的基因表达矩阵 library(readxl) library(dplyr) dat |
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