GEO数据库里的数据是免费的，可以直接在线下载。但是，在下载数据之前你要了解GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型：

GSE数据编号(Series) GPL数据编号(GEO platforms) GSM数据编号(Samples) GDS数据编号(Datasets)

一篇文章可以有一个或者多个GSE(Series)数据集，一个GSE里面可以有一个或者多个GSM(Samples)样本，而每个数据集都有着自己对应的芯片平台，就是GPL(GEO platforms)。GSE编号一般为作者提交时生成的原始数据编号，后续NCBI中的工作人员会根据研究目的、样品类型等信息归纳整合为一个GDS(Datasets)，整理后的数据还会有GEO profile数据，也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE数据都能被整理，所以，有的GSE数据里面没有GDS数据也是正常。

GEO2R分析工具使用链接

R语言下载表达数据方法，第一种，使用GEOquery包。这个方法完成了手动数据下载和Bioconductor常见数据结构ExpressionSet的构造。（关于这个数据结构的具体介绍看Bioconductor的介绍或者视频，简言之，可以用于存放 实验信息, 分组信息和表达信息, 方便后续调用的数据结构。）第二种：在网页下载cel原始数据自己制作表达矩阵；第三种，在网页下载Series Matrix File(s)(TXT)表达矩阵。 GEOquery包实践debug：