在这个教程中，主要将分析 10X Genomics 免费提供的外周血单核细胞 (PBMC) 数据集。在 Illumina NextSeq 500 上对 2,700 个单细胞进行了测序。可以在https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz此处找到原始数据。我们从读取数据开始。 Read10X() 函数从 10X 读取 cellranger 管道的输出，返回一个唯一的分子识别 (UMI) 计数矩阵。此矩阵中的值表示在每个单元格（列）中检测到的每个特征（即基因；行）的分子数。

Read10X() 函数是针对于整理好的10X Genomics 数据，如果手头的不是类似文件，可以将其进行转换，成为格式一致的文件。

接下来使用计数矩阵创建一个 Seurat 对象。该对象用作包含单细胞数据集的数据（如计数矩阵）和分析（如 PCA 或聚类结果）的容器。例如，count matrix存储在 pbmc[[“RNA”]]@counts 中。