R语言获取GEO表达数据 |
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R语言获取GEO表达数据
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在磕盐中一开始获取GEO表达数据的方式主要是通过GEO数据库下载数据，并且还要下载平台信息，然后经过各种处理过程，比较麻烦。 后来一次无意中学习到了利用R语言快速获取表达矩阵数据，十分方便。 这里以实验GSE53408为例。 R语言代码如下： gse = getGEO("GSE53408",GSEMatrix = TRUE,destdir = ".",getGPL = T, AnnotGPL = T) #数据下载 exprs = exprs(gse[[1]])#表达量矩阵 fdata = fData(gse[[1]])#平台信息 explan = data.frame(exprs)#转置 explan$ID = fdata$ID#同步ID explan$symbol = fdata$ 'Gene symbol'#同步symbol #处理重复基因 rowMeans = apply(explan[,c(1:4)],1,function(x) mean(as.numeric(x), na.rm = T)) rowMeans_2 = data.frame(rowMeans) express = explan[order(rowMeans, decreasing = T),] express_2 = explan[!duplicated(express[, dim(express)[2]]),] explan_na = na.omit(express_2) explan_final = explan_na[explan_na$symbol != "",] #处理一个探针对应多个基因 explan_final$symbol =data.frame(sapply(explan_final$symbol,function(x) unlist(strsplit(x,'///'))[1]),stringsAsFactors = F)[,1] 需要注意的是在使用上述代码前需要先安装R语言中的GEOquery程辑包，如果已安装，这部分可忽略。R语言代码如下： install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery")#安装 library(GEOquery)#导入运行结果如图，其中explan_final即为最后得到的基因表达矩阵。 R语言代码如下： install.packages("xlsx") library(xlsx)#导入 write.xlsx(explan_final,file = filepath)写完啦~~~ |
最后的结果如果需要可以保存到excel文件【本文地址】