读文献先读图

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数据分析 | 科研制图 . 百分比堆积面积图

关键词:面积图、Origin绘图

暑假,一鸣来到了山里度假...

一鸣:远望群山重叠,不知不觉夏日的炎热就在这连绵起伏的轮廓中飘到了九霄云外。司言,来爬山吗?

群山 | 图源Google

司言:我可能来不了...虽然家里开着空调,但看着下面这幅图,可真让我躁动不安!

百分比堆积面积图 | 图源参考文献[3]

一鸣:这就是一幅标准的“百分比堆积面积图”啊!

司言:什么面积图??

一鸣:让我来给你剖析剖析!

01

“折线版”数据变化

看到“百分比面积图”中山的轮廓了吗?这就是小学二年级讲过的折线图。“折线图能直观的反映数据的变化趋势,但数据量较大时,显示效果不够直观。”让我们举个栗子回忆一下。让我来给你剖析剖析!

司言:啊,我又被蚊子咬了。怎么开了空调也有蚊子,一天都叮了好几个包,可恶!

一鸣:山里蚊子也超多!想不想统计一下我们身体的哪些部位被蚊子咬了包?

叮咬数量表格 | 图源新医谷

用表格统计后,画出来的折线图是这样的

折线图 | 图源新医谷

若谷: 我我我,还有我!(举手手!)

逸琳:我也被咬了,也统计下我的。

谷老:把谷里的成员都统计一下吧!

折线图 | 图源新医谷

小学老师说得没错,数据一多,折线图就让人眼花缭乱了!怎么办呢?难道像堆积木一样把不同人的数据堆在一起?

Are you serious?| 图源花瓣网

一鸣我想到了更优化的方法:给折线图“润色”!

“润色”得到的是普通的堆积面积图。它将得到的折线数据“堆积”在一起,展示出来不同颜色“面积块”就是折线的“数据”。

堆积面积图 | 图源新医谷

比如代表司言的“黄块”,就是由折线图中各部位的数据对应而来:x轴上黄色部分的顶点所对应的y轴数据上下相减,得到的就是折线图中司言每个统计部位的叮咬数量。

堆积面积图 | 图源新医谷

简洁、清晰、配色优雅,不愧是我一·数据可视化·鸣做出的图,可是这比较起来有点考计算速度呀?

02

“饼图版”面积图

让“比较”更直观,其实可以运用另一种图——饼图!

不不不,不是这个“丙”图是这个饼!

我们将堆积面积图中,同一个人每个部位的占比表示出来。这样就看出哪个部位最招蚊子啦!

可是…饼图可以直观地反映不同对象占总体的比例情况,但它却不能像折线图一样,反映数据的变化情况。难道鱼和熊掌,真不可兼得?

可不可以上面放折线图,下面再来个饼图,做个“统计图三明治”呢?

统计图三明治| 图源Google

No, No, No…一鸣告诉你,有更优化的方法那就是我们的“百分比堆积面积图”!

首先,因为每个人某一部位叮咬的总比例为整个饼图(100%),所以就可以变为折线图中的“y轴”。

饼图“y轴”化 | 图源新医谷

每个人在这个部位叮咬的占比不同,再用折线图来描述这样的不同。

百分比堆积面积图 | 图源新医谷

这样画出来的图,既有折线图一样的变化,代表不同对象同一部位占比发生的变化;又具有了饼图“百分比”的特征,显示了部分与整体的比例关系。两者合二为一,加上颜色配合,不仅美观,而且数据的变化一目了然!

司言:哇唔,看起来好棒呀!!!

一鸣:开头的那幅文献图你就自行解读吧!

司言重燃了信心,翻出了最开头那幅图的文献,

研读了一番...

03

小试牛刀

栗1

在开头的那篇文献中,科学家们为了研究m6A甲基化的动态特性,分析了人类组织样本中的差异m6As(在不同的组织里,RNA甲基化的位点不同,导致其在各位点的表达量不同,称为差异m6As)

百分比堆积面积图 | 图源参考文献[3]

这幅图描述的是在脑、心脏等不同的器官或组织中,其基因序列上Promoter(启动子)、Stop codon(终止密码子)、Intron(内含子)等不同结构所包含的差异m6As甲基化所占百分比。

由图可知,大约有一半的组织差异m6As存在于内含子中,并且可以看到在不同的器官或组织中差异最大(由心脏组织的39.8%到胎盘组织的59.3%),所以我们可以猜想:剪接等共转录过程可能与组织差异m6As有关。

如果x轴描述的不是一个个割裂的部位,

而是一个连续的过程呢?

没关系,百分比面积图照样可以搞定!

栗2

百分比堆积面积图 | 图源参考文献[2]

上半部分的4个图代表接受抗生素治疗和化疗的4只小鼠;下半部分的4个图代表接受相同方案和FMT(粪菌移植)的4只小鼠。

8张图中,每一张小图x轴显示的是对一只小鼠肠道中10个最丰富的细菌属的持续跟踪,分别在第4、8、12、16天取样检测。

通过不同时间维度的比较,我们就可以从中发现FMT是否对小鼠肠道微生物群有影响

那…这样的图,怎么画?

04

DIY专属面积图

不会吧

不会吧

不会真的还有人不知道用Origin画图吧

快快动起手来,DIY自己心仪的面积图!

参考文献

[1]叶卫平.Origin9.1【M】.北京:机械工业出版社,2015:345-349

[2]Chaban B, Links MG, Jayaprakash TP, et al. Characterization of the vaginal microbiota of healthy Canadian women through the menstrual cycle. Microbiome. 2014;2:23.[3]Xiao S, Cao S, Huang Q, et al. The RNA N6-methyladenosine modification landscape of human fetal tissues. Nat Cell Biol.2019;21(5):651‐661.

作者:X-Land启思科研组

配图:X-Land启思科研组

排版:爱上爬山的司言



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