碳酸钙D₃和维生素D的区别主要在以下几个方面：

1. 作用不同：维生素D主要用于预防和治疗维生素D缺乏症，如佝偻病；而碳酸钙D₃则主要用于补充钙质，特别是儿童、孕妇、哺乳期妇女、更年期妇女和老年人，以帮助预防和治疗骨质疏松症等疾病。

2. 不良反应不同：长期过量服用维生素D会导致中毒，引起骨关节疼痛、肿胀、皮肤瘙痒、口干、发热、头痛、便秘或腹泻等不良反应；过量服用碳酸钙D3则可能导致高钙血症和乳碱综合征等副作用。

3. 禁忌不同：维生素D增多症、高钙血症、高磷血症和肾佝偻病患者禁止服用维生素D，同样，心脏和肾功能不全患者应谨慎使用；而含钙肾结石或有肾结石病史的患者禁止使用碳酸钙D3，过敏者也要避免使用，体质过敏者则应慎用。

总的来说，两种药物的适应症、不良反应和禁忌存在明显的差异。因此，在使用这些药物时，应该严格遵循医生的指导，避免自行用药或滥用药物造成不必要的健康风险。