输尿管肿瘤中常见良性病变为输尿管息肉，恶性病变为输尿管癌。输尿管肿瘤的特点是患者多以无痛性肉眼血尿就诊，排泄性尿路造影显示输尿管病变处有充盈缺损，病变以上输尿管扩张，其黏膜光滑，不像输尿管结核病变范围广，无虫蚀状及串珠样改变。输尿管可以因积水而呈S样改变，但无僵直的表现，尿液中找癌细胞阳性可帮助诊断和鉴别诊断。

输尿管炎性狭窄是由非特异性感染所引起，管壁发生炎性病变。排泄性和逆行性尿路造影，显示输尿管炎症部位局限性狭窄，狭窄以上输尿管扩张、肾积水，应予鉴别。尿液细菌培养阳性，而结核杆菌培养阴性，膀胱镜检查膀胱黏膜由水肿、充血，但无结核结节、肉芽创面和溃疡。其临床表现为输尿管炎特点，由于输尿管的蠕动而发生阵发性绞痛。而输尿管结核以尿频、尿急、尿痛为主要临床表现。

输尿管周围炎病因不明，其病变发生为腹膜后纤维组织增生，增生的组织包绕一侧或两侧输尿管，常见于输尿管肾盂交界处和骼血管分叉处。由于纤维组织包绕输尿管导致输尿管管腔狭窄，输尿管变硬僵直、肾积水，两者需加鉴别。输尿管周围炎少见，较少由尿频、尿急、尿痛，以镜检血尿或肉眼血尿为主，患侧腰痛及肾绞痛。B超、CT检查显示肾内无破坏性病灶，见腹腔病变部位纤维组织增生，对鉴别诊断很有帮助。

放线菌病为放线菌引起慢性化脓性内源性疾病，此种放线菌厌氧或微带氧，革兰染色阳性，菌丝可分裂。在组织中或脓液中放射状排列。尿中能找到灰黄色的菌落颗粒，称为"硫磺颗粒"，膀胱镜检查见膀胱内无结核性炎症改变。而输尿管结核多引起膀胱结核病变，膀胱镜检查时，见膀胱内有炎症、水肿、充血、结核结节及溃疡，活组织检查以有无硫磺颗粒作鉴别。