已有 61290 次阅读 2011-9-4 21:46 |个人分类:分子生物学知识|系统分类:科研笔记

     mRNA（messenger RNA）信使RNA，是由编码区（CDS）、上游的5’非编码区和下游3’非编码区组成，真核生物mRNA的5’端带有7-甲基鸟苷-三磷酸帽子结构，3’端有多腺苷酸尾巴，但NCBI中mRNA序列实际上是cDNA序列，即经过反转录得到的与RNA序列互补的DNA序列，一般不包括3’多腺苷酸尾巴。一个cDNA序列被称为一个转录子，第一个碱基所在的位置为转录起始位点（TSS），cDNA都是由外显子组成，但编码蛋白质的外显子只有一个，即CDS（coding sequence），这段序列也就是一个ORF区，也就是这个cDNA的ORF序列。参与特定基因转录及其调控的TSS上游序列称为启动子（Promoter），如原核生物在转录起始位点上游-10有一段TATAAT的保守序列，有助于局部解链，在-35有一段TTGACA序列提供RNA聚合酶识别信号，真核生物上游-25到-30TATA决定起始位点，-75位置CAAT与RNA聚合酶，这些都是启动子，启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。

    克隆可以简单理解为复制品，例如假设通过提取mRNA，反转录后得到cDNA序列，然后将这段序列转入载体，再通过划线不断的繁殖，就会得到许多装有这段cDNA序列的克隆，实验室为了方便，在给得到的这些克隆起名时，一般会取cDNA序列的名，但实际上在这个克隆里面不仅包括了这个cDNA，还包括了载体的DNA。

    STS（sequence-tagged site）序列标记位点，是基因组上定位明确、作为界标并能通过PCR扩增被唯一操作的短的、单拷贝DNA序列，一般长度为200-500bp，一个DNA序列要成为STS，首先序列必须已知，能用PCR方法检测，第二STS必须在基因组上具有唯一的定位点。通过STS可以判断在不同条件下测序得到的DNA序列的准确性。

    EST（expressed sequence tag）表达序列标签，是从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA序列。全基因组测序发现基因即昂贵又费时，因为基因组中只有2%序列编码蛋白质，因此可以对真正编码蛋白质的mRNA构建cDNA文库，对cDNA进行测序，得到EST序列，从而发现新基因。

下面以大鼠CTGF基因为例子，小写字母是转录子前后200bp启动子相关序列，大写字母表示的是cDNA序列，也就是转录子，其中蓝色标记的部分为CDS序列，湖蓝色的为转录起始位点，即TSS，加粗带下划线的为起始密码子

agtgtgccagctttttcagacggaggaatgtggagtgtcaaggggtcaggatcaatccggtgtgagttgatgaggcaggaaggtggggaggaatgcgagg

aatgtccctgtttgtgtaggactccattcagttctttggcgagccggccgcccggagcgtataaaagccagcgccacccgcccagtctcacacagctctt

CTCTCCAAGAAGACTCAGCCAGACCCACTCCAGCTCCGACCCTAGGAGACCGACCTCCTCCAGACGGCAGCAGCCCCAGCCCAGTGGACAACCCCAGGAG

CCACCACCTGGAGCGTCCGGACACCAACCTCCGCCCCGAGACCGAGTCCAGGCTCCGGCCGCGCCCCTCGTCGCCTCTGCACCCCGCTGTGCGTCCTCCT

GCCGCGCCCCGACCATGCTCGCCTCCGTCGCGGGTCCCGTTAGCCTCGCCTTGGTGCTCCTCCTCTGCACCCGGCCTGCCACCGGCCAGGACTGCAGCGC

GCAGTGTCAGTGCGCAGCTGAAGCGGCGCCGCGCTGCCCCGCCGGCGTGAGCCTGGTGCTGGACGGCTGCGGCTGCTGCCGCGTCTGCGCCAAGCAGCTG

GGAGAACTGTGCACGGAGCGTGATCCCTGCGACCCACACAAGGGTCTCTTCTGCGACTTCGGCTCCCCCGCCAACCGCAAGATTGGCGTGTGCACTGCCA

AAGATGGTGCACCCTGTGTCTTCGGTGGGTCCGTGTACCGCAGCGGCGAGTCCTTCCAAAGCAGTTGCAAATACCAGTGCACTTGCCTGGATGGGGCCGT

GGGCTGTGTGCCCCTGTGCAGCATGGACGTGCGCCTGCCCAGCCCTGACTGCCCCTTCCCGAGAAGGGTCAAGCTGCCCGGGAAATGCTGTGAGGAGTGG

GTGTGTGATGAGCCCAAGGACCGCACAGTGGTTGGCCCTGCCCTAGCTGCCTACCGACTGGAAGACACATTTGGCCCTGACCCAACTATGATGCGAGCCA

ACTGCCTGGTCCAGACCACAGAGTGGAGCGCCTGTTCTAAGACCTGTGGGATGGGCATCTCCACCCGGGTTACCAATGACAATACCTTCTGCAGGCTGGA

GAAGCAGAGTCGTCTCTGCATGGTCAGGCCCTGTGAAGCTGACCTAGAGGAAAACATTAAGGTAAATAAATACTCTGCCCCCAGACACTCATTTTCACAG

AATGACAGGAAAGAGAACCAGAGCTGGCTGTCTCGCCGCCCTTCTTATTATAGGCCTGTTGTCTCCAGAAATATCTAACCATGGAGCTGTCTGGCTAGAA

TGAGAGATGCTGTAACAGCAGCTGCCAGTTTTCCACTACAAAATTCCCCGGGGTGTTAGTTAATACGAGACACTCCAAACGAAGCCATGGCTATTTTTGG

AAAACTGGCGAATGAAACTCCCAGTCTCTCTCCCCTCAGAATATAAACACAAGTCAGATGACATAGGGCTAGTCTACAGAGGGTTGAGGAAGGCCACTCC

CGTTGTAGTAATTGCGGTGTCTCTTCTCGTCTTCCCTTAGAAGGGCAAAAAGTGCATCCGGACGCCTAAAATTGCCAAGCCTGTCAAGTTTGAGCTTTCT

GGCTGCACCAGTGTGAAGACCTACCGGGCTAAGTTCTGTGGGGTGTGCACGGACGGCCGCTGCTGCACACCGCACAGAACCACCACACTGCCGGTGGAGT

TCAAGTGCCCCGATGGCGAGATCATGAAAAAGAACATGATGTTCATCAAGACCTGTGCCTGCCATTACAACTGTCCCGGGGACAATGACATCTTTGAGTC

CTTGTACTACAGGAAGATGTATGGAGACATGGCGTAAAGCCAGGGAGTAAGGGACACGAACTCATTTAGACTATAACTTGAACTGAGTTACATCTCATTT

TCTTCTGTAAAAAAACAAAAAGGATTACAGTAGCACATTAATTTAAATCTGGGTTCCTAACTGCTGTGGGAGAAAACACCCCACCGAAGTGAGAACCGTG

TGTCATTGTCATGCAAATAGCCTGTCAATCTCAGACACTGGTTTCGAGACAGTTTAGACTTGACAGTTGTTCACTAGCGCACAGTGACAGAACGCACACT

AAGGTGAGCCTCCTGGAAGAGTGGAGATGCCAGGAGAAAGACAGGTACTAGCTGAGGTCATTTTAAAAGCAGCGATATGCCTACTTTTTGGAGTGTGACA

GGGGAGGGACATTATAGCTTGCTTGCAGACAGACCTGCTCTAGCAAGAGCTGGGTGTGTGTCCTCCACTCGGTGAGGCTGAAGCCAGCTATTCTTTCAGT

AAGAACAGCAGTTTCAGCGCTGACATTCTGATTCCAGTGACACTGGTCGGGAGTCAGAACCTTGTCTATTAGACTGGACAGCTTGTGGCAAGTGAATTTG

CCGGTAACAAGCCAGATTTTTATGGATCTTGTAAATATTGTGGATAAATATATATATTTGTACAGTTATCTAAGTTAATTTAAAGACGTTTGTGCCTATT

GTTCTTGTTTTAAGTGCTTTTGGAATTTTTAAACTGATAGCCTCAAACTCCAAACACCATCGATAGGACATAAAGCTTGTCTGTGATTCAAAACAAAGGA

GATACTGCAGTGGAAACTGTAACCTGAGTGACTGTCTGTCAGAACATATGGTACGTAGACGGTAAAGCAATGGATCAGAAGTCAGATTTCTAGTAGGAAA

TGTAAAATCACTGTTGGCGAACAAATGGCCTTTATTAAGAAATGGCTTGCTCAGGGTAACTGGTCAGATTTCCACGAGGAAGTGTTTGCTGCTTCTTTGA

CTATGACTGGTTTGGGAGGCAGTTTATTTGTTGAGAGTGTGACCAAAAGTTACATGTTTGCACCTTTCTAGTTGAAAATAAAGTATATATATTTTTTATA

TGaaaggcttggctgctcattcttgtaaactttccttgggtttccctgggtgtaagcaggaagtttatatttatcttaaggtaattcactaagatgttta

caaacaactttgatgtgcatgagtcacatgaaatcaatagaattttgcataagcatcccttacaccggaccaagtagacatgagcatcaattatctacat

gg