GIS中空间数据建立拓扑关系之后，使数据结构紧密、拓扑关系明确，有利于空间数据的拓扑査询和拓扑分析。同时便于系统内数据共享，减少了数据的冗余（共享公共边界减少了坐标点数据）。

但由于拓扑关系面向不被分割的几何要素，而不面向地理实体；强调的是各几何要素之间的连接关系，不能重视地理实体的完整、独立意义，难以表达复杂的地理实体，使对实体的操作如增加实体、删除实体、修改实体等效率较低，同时影响对实体快速查询和复杂的空间分析效率，尤其在大区域的复杂空间分析方面表现尤为明显。此外数据结构复杂，不便于系统的维护和更新。