尽管该公约得到了广泛的应用，但也面临过不同的误解。

CITES公约对其三个附录中所收录的野生物种进行国际贸易限制。人们通常认为，公约附录里收录的所有野生物及其制品都是极度濒危的，其贸易应该被禁止。虽然附录I所列的部分物种（例如所有的八种穿山甲）是这样，但附录II和附录III所收录的物种则不同。附录II和附录III收录物种的国际贸易受到管制，要求在非致命性获取(NDF)报告之后，由出口国的CITES管理当局签发贸易许可证。

CITES缔约方大会(CoPs)每三年举办一次，会上各缔约方将对所有三个附录的物种名录提出修订建议。