MDTraj是分子动力学模拟的一个python包，相对于MDAnalysis个人觉得操作性更强，更加Python范一些。其能够进行不同模拟软件的轨迹转换，常规计算，分析等等一体化。简单的说就是可以用来对轨迹进行分析，可以通过计算rmsd和rmsf值来判断轨迹的偏移等一系列操作。在2019年出的1.9.3中还包含了计算rmsf功能。所以有计算rmsf的需要的话最好还是安装1.9.3版本。

安装mdtraj需要先安装一些环境依赖numpy和cython。且版本最好更新一下，不然旧版本里可能并不包含某些必要的依赖项。

NumPy是Python语言的一个扩充程序库。支持高级大量的维度数组与矩阵运算,此外也针对数组运算提供大量的数学函数库。 Cython是Python的一个超集，结合了Python的易用性和原生代码的速度，可以编译成C语言，产生的性能提升可以从几个百分点到几个数量级，具体取决于手头的任务。可以实现python代码直接调用C模块。

到目前为止，最新的numpy是20.X了，cython是29.16

使用pip或conda安装我在mac是可以的，但是在一些windows系统上确是安装失败。所以这里我提供两种方法。

一、直接pip或者conda安装 但是注意因为版权、证书、连接超时等一些原因，我们最好使用国内镜像，快速又好用。我这里用的是豆瓣源。pip install mdtraj -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com

二、本地下载 打开https://pypi.org/project/mdtraj/1.9.3/#files下载mdtraj的压缩文件，解压缩后放入../anaconda3/pkgs/路径下，然后进入mdtraj查看是否有setup.py文件，有的话直接在终端cd进入mdtraj目录再敲入python setup.py install。

http://pypi.douban.com/ 豆瓣 http://pypi.hustunique.com/ 华中理工大学 http://pypi.sdutlinux.org/ 山东理工大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/ 中国科学技术大学