1117年天览试合后，爱丽丝护送赞波返回气炎直辖区。迷雾笼罩，赞波逼迫殉教者探查炎洞窟。玛娜认为直辖区制度是人民苦难之源，趁机熄灭圣火。玛娜释放浓雾乘飞艇逃脱处刑。吉斯摩尔忧虑龙之力的强大，欲毒杀诺威反被斩断右臂。诺威逃回故乡又被骑士团埋伏，幸得玛娜援手。诺威协助玛娜破坏神水直辖区的圣瓶、宝光直辖区的圣玉、明命直辖区的圣花、天时直辖区的圣沙漏，骑士团正面对抗、背面设伏均告失败。红龙安吉尔脱困，无法感受凯姆的心意，彻底暴走被苍龙击杀。世界毁灭再度降临，苍龙指引诺威前往次元夹缝中的远古墓碑，得知龙族暗手：真人类与骨棺（重生之卵）结合创造屠神战士。神降之地，神操纵骨棺与玛娜同化破坏龙族计划，但骨棺因玛娜坚定抵抗破碎。诺威在玛娜亲吻下觉醒成为真人类，杀死苍龙阻止龙族成为新神。世界远离神与龙的威胁。