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第一季：
1X79 Pilot
Scully和Mulder第一次见面，两人去厄勒冈调查少年儿童森林失踪案，Scully腰上被咬了三个包。
1X01 深喉 Deep Throat
Scully和Mulder去调查一个空军基地，深喉第一次出现。Mulder最后被空军基地做了手术忘记了看到UFO。
1X02 突变异种 Squeeze
吃肝脏的Tooms，后来被抓起来了。
1X03 奥卡布基湖奇案 Conduit
湖边一家人的姐姐被劫持了，MS两人去调查，那家人的弟弟会从电视里看二进制码。后来Mulder在教堂里哭。
1X04 泽西恶魔 The Jersey Devil
新泽西发现野人，还是女的，Mulder看见她的美貌被迷住了。
1X05 鬼魅阴影(幽魂) Shadows
一个女职员的老板死了，生前老板对她好像女儿，死后还变做幽灵保护她受坏人的伤害。
1X06 幽灵电脑 Ghost in The Machine
一台大楼里的超级电脑有了自己的意识，想要杀死可能破坏它的人。
1X07 冰核计划 Ice
阿拉斯加冰核研究队因为冰核里的虫子全队覆灭。MS和几个科学家去调查，也因为虫子内讧。
1X08 太空惊魂 Space
火星上的脸附身到前宇航员身上，破坏穿梭机发射。
1X09 坠落天使 Fallen Angel
一架UFO坠落在森林里，Mulder去窥视，被军队抓了，认识了MUFON成员Max。后来Max被飞碟劫持了。
1X10 夺命夏娃 Eve
两个长得一摸一样的女娃子同时用同种方法杀死了自己的父亲。还有好多和她们一起被批量生产的女孩。
1X11 恶魔烈火 Fire
有人会控制火。Mulder怕火。Mulder有个英伦旧情人。
1X12 心灵感应 Beyond The Sea
Scully的爸爸死了。有个死囚能看穿Scully的心事。Mulder不喜欢Scully相信那个人，后来吃了一枪。
1X13 性别扭曲 Genderbender
有人会改变性别。MS调查到一个隐秘的小村里，Scully差点被玷污。后来整个村子人不见了。
1X14 至死不渝 Lazarus
Scully的前男友——也是一个探员的身体被一个犯人的占用了。犯人绑架了Scully，逃走去找爱人同伙，但发现被爱人出卖了。
1X15 追命恶魔 Young at Heart
Mulder年轻时候抓到的一个罪犯跑出来了，要找Mulder算帐。那个犯人的研究让他自己变年轻了。
1X16 外星访客 E.B.E.
据说一辆卡车运着UFO和alien，Mulder和Scully一路追去。孤枪侠首次出场。后来Mulder只看到一张曾放过alien尸体的空床。
1X17 神迹 MIRACLE MAN
一个传教士的干儿子什么的会用神迹治病，但最近治死了很多。Mulder和Scully去调查，发现是那个曾经被神迹救活于火灾的助手干的。Mulder不信宗教。
1X18 变形狼人 SHAPES
印第安保留区出现狼人。
1X19 夜幕低垂 DARKNESS FALLS
国家森林里出现一种虫子，在黑暗环境吸人体液，Mulder和Scully差点变木乃伊。
1X20 终结突变异种 TOOMS
吃人肝的Tooms被法庭放了，Mulder不服气，Tooms也不服气。最后Tooms被碾成了肉酱。这集里有“红茶对话”。
1X21 附身 BORN AGAIN
一个好警察被三个坏警察谋害了，好警察附身到一个小孩身上，实施复仇。
1X22 双胞奇缘 ROLAND
科学家哥哥的头在液氮里保存着，智障弟弟在研究所作清洁工。哥哥头脑仍然影响着弟弟帮他完成研究，并报复偷走他成果的人。
1X23 外星混血 THE ERLENMEYER FLASK
Mulder发现流着绿色血液的人类alien混种早已混迹在人群中。 深喉被杀害了。X档案被关闭。
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第二季：
2X01 绿色小矮人 LITTLE GREEN MEN
墨西哥丛林里的雷达收到外星文明的讯号。Mulder只身前往，险些丧命，又落得一场空。
2X02 下水道惊魂记 THE HOST
水蛭人变种惊现下水道。Mulder被赶去调查。
2X03 恐惧症 BLOOD
小镇实验农药，一个人被农药影响的人出现幻视，遵循电子仪器的显示疯狂杀人。
2X04 不能睡的人 SLEEPLESS
军方实验的对象二十几年不能睡觉，懂得了控制人的反应思维，开始报复杀人。Mulder见到了Mr. X。Alex Krycek首次出场。
2X05 第四类接触(上) DUANE BARRY
精神病院的前FBI探员声称被alien劫持过，因为不愿再次被劫持，绑架了精神病院的医生。被请来帮忙的Mulder自愿成为人质。
2X06 第四类接触(下) ASCENSION
Duane Barry逃跑并绑架了Scully，Alex Krycek原来是CSM的帮手。最后Scully在UFO出现的强光中失踪了。X档案重新开启。
2X07 三位一体 3
洛山基出现杀人取血案件，Mulder认为是吸血鬼所为，还跟其中之一Christen有了一夜情。
2X08 起死回生 ONE BREATH
Scully被悄悄送了回来，但生命垂危。Mellisa就像个灵媒。
2X09 火山口惊魂 FIREWALKER
研究火山的几个科学家纷纷死于喉咙里长出硅基孢子植物。
2X10 红色博物馆 RED MUSEUM
盛产美味牛肉的小镇的孩子们被绑架，发现的尸体上都有“he/she is one”的字样。Mulder和Scully以为是镇上的教徒所为，但其实是和alien计划有关的人体实验。
2X11 再生 EXCELSIUS DEI
老人院里闹鬼了。Mulder和Scully没看到鬼，倒是发现些让人恢复精力的小蘑菇。
2X12 剃刀杀人狂 AUBREY
几十年前的杀人狂有个后代继承了他的杀人基因，现在基因被激活了。Mulder和Scully能否阻止新的惨剧发生？
2X13 摧花狂疑云 IRRESISTIBLE
殡仪馆的遗容师是个恋物癖，他喜欢杀人取头发。这次他的目标是Scully。
2X14 巫教学校 DIE HAND DIE VERLETZT
一所学校的校董们都是异教成员。他们的信仰受到了考验，因为学校的一个老师是被派来惩罚他们的使者。
2X15 巫毒的复仇 FRESH BONES
海地难民营中有人使用巫毒术报复非人对待他们的营队军官。
2X16 殖民地球(上) COLONY
Mulder见到了自己的妹妹，但发现是克隆人。
2X17 殖民地球(下) END GAME
Scully被赏金杀手抓住，Mulder不得不用“妹妹”交换。然后他追赏金杀手追到北极，差点死在那里。
2X18 审判 FEARFUL SYMMETRY
动物园里的单身动物神秘失踪，又突然出现在大街上，而且都怀了孕。Mulder认为是alien所为。
2X19 幽灵船 DOD KALM
一艘失而复得的船似乎穿越了时间，老化严重。登船调查的Mulder和Scully也迅速变老。
2X20 斑身人 HUMBUG
畸形人组成的演出队伍中发生奇异命案。 来调查的MS感觉就像在做梦。
2X21 巫童 THE CALUSARI
一个男孩被其胎死腹中的同胞兄弟灵魂附身，诡异地杀死了自己的弟弟和爸爸。Mulder见证了一场罗马尼亚式的驱魂仪式。
2X22 剖尸 F. EMASCULATA
监狱收到了一个包裹，里面装着来自热带雨林的未知致命病毒，被感染了病毒的犯人更越狱逃跑了。Mulder和Scully面临阻止病毒的扩散或让人们了解真相的两难选择。
2X23 柔光 SOFT LIGHT
一次物理科学试验彻底改变了一名科学家的身体，他的影子变成了湮灭一切的暗物质。
2X24 我们的小镇 OUR TOWN
整个小镇的人都向往长生不老，他们的办法就是吃人肉。Scully差点儿变成他们的盘中餐。
2X25 外星档案(上) ANASAZI
Mulder被下毒了，神志不清。Mulder的爸爸被Krycek谋杀了。愤怒的Mulder要杀死Krycek，被Scully开枪阻止了。他们逃到了墨西哥，却被CSM跟去，要把Mulder葬身火海。
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第三季：
3X01 外星档案(中) THE BLESSING WAY
Scully以为Mulder死了。她被停职，还发现脖子后面有个芯片。她姐姐Mellisa被误杀了。 其实Mulder还活着，在印第安老人那里接受仪式治疗。
3X02 外星档案(下) PAPER CLIP
Mulder回来了，他和Scully一起找到一个二战交换过来的科学家，根据他的说法又找到一个叫Strughold的废矿，那里有所有接种过天花疫苗的人的DNA档案。
3X03 闪电人 D.P.O.
有个家伙不怕闪电，还能控制闪电。他爱上了自己的老师。
3X04 相士杀手 CLYDE BRUCKMAN'S FINAL REPOSE
一个可爱老头儿能看到未来别人和自己的死法，Mulder和Scully找到他帮忙破相士被杀命案。谁知道杀手寻找的目标就是这个老头。孰因孰果早已无从说起。
3X05 回魂复仇者 THE LIST
一个坐上电椅的犯人扬言要回来杀死五个对不起他的人。他死后，真的有狱卒接连奇异死亡。
3X06 网络情人 2SHY
网上有人专门甜言蜜语约会身材丰满的女性，他的目的，是吸取她们的脂肪作为自己的营养。
3X07 幽灵士兵 THE WALK
一名失去了双腿双臂的士兵通过灵魂出壳来残忍的报复他的仇人，他杀死他们家人却不让他们死。
3X08 解脱 OUBLIETTE
有个人专门绑架小女孩。一个小时候被同一个人绑架过的老女孩感应到这个人的新罪行。她帮Mulder找到了藏匿点，最后却牺牲了，得到解脱。
3X09 扑朔迷离(上) NISEI
一群日本医生被杀死在火车实验室里。Mulder和Scully根据买来的录像带找到一艘据说打捞到UFO的船和一群与Scully一样遭受过劫持的妇女们。
3X10 扑朔迷离(下) 731
Mulder追踪船上的线索来到一列据说有活alien但也有炸弹的火车上，和CIA的一个家伙纠缠。Scully来到一个麻风病院发现所谓alien不过是人体试验品。第一长者出场。
3X11 天启 REVELATIONS
一个小孩出现圣痕——耶稣被钉的部位流血。一个人就要杀死这个小孩，Scully相信因为这个小孩是神选之人，那个凶手是恶魔使者，这是宗教的正邪之战。Mulder还是不信。
3X12 粪虫大战 WAR OF THE COPROPHAGES
蟑螂杀人了。Mulde调查的时候遇见研究蟑螂的小鹿一样的Bambie教授。 Scully吃醋了。
3X13 双姝奇缘 SYZYGY
行星的运行影响了两个同年同月同日生的女孩，让他们互相嫉妒生气，产生了摧毁性的力量。Mulder和Scully之间也有了类似的反应，只是不知道是因为行星还是那个想要“强奸”Mulder的白探长。Scully说“sure, fine, whatever!”
3X14 恶魔图像 GROTESQUE
Mulder的老师请他帮忙调查连环杀人案。Mulder认为是恶魔附身所为，他运用了“体验派”的调查方法，让Scully为他担心了一把。
3X15 追凶记(上) PIPER MARU
海底的沉没UFO里发现了黑油，竟然能控制人类。Mulder追到了香港，遇到了Krycek。有人意图谋杀Skinner。
3X16 追凶记(下) APOCRYPHA
Mulder带着被黑油附体的Krycek回国，但中途让他跑了。后来他们找到藏匿打捞上的UFO的导弹发射基地，可惜最后被军队阻止了。只留下Krycek被关在1013号门里对着UFO作很恶心的表演。
3X17 步步危机 PUSHER
有个叫Modell的家伙可以暂时控制别人的思维。Mulder提蹲点睡着的Scully擦口水。后来，Mulder被他控制玩起俄罗斯轮盘赌，Scully担心哭了。
3X18 阿玛鲁 TESO DOS BICHOS
被挖掘出来的印第安文物不想被挖掘出来，所以博物馆里出现好多杀人猫，死了好多和挖掘文物有关的人。后来文物还是被埋回去了。
3X19 冥纸 HELL MONEY
唐人街一个有势力的组织靠抽奖的方法欺骗善良的移民，摘取他们的人体器官卖到黑市。
3X20 科幻故事 JOSE CHUNG'S 'FROM OUTER SPACE'
一对约会中的男孩女孩据说被alien劫持了。一个作家来访问Mulder和Scully调查此案的经过，发现对整个事件的描述都充斥着当事人的主观印象。连最后作家的作品都是那么的主观。
3X21 梦妖 AVATAR
和妻子闹离婚的Skinner和一个妓女搞一夜情，但是没有一夜清，第二天妓女死在了他的床上。人们认为是因为他的睡眠紊乱症又犯了。但Mulder不这么想。
3X22 湖怪 QUAGMIRE
湖区发生了几起死亡事件。Mulder兴致勃勃的带着Scully去调查，他相信是湖怪干的，但是最后他只看到了美洲鳄。精彩的湖边对话。
3X23 电视杀人事件 WET WIRED
政府在有线电视信号中非法插入额外信号暗示人的思维，让人“看到”自己害怕的事情发生。Scully受到了影响，开始怀疑Mulder和CSM是一伙。
3X24 追杀令 TALITHA CUMI
一个叫Smith Jeremiah的人能用他的双手给人疗伤，但他的行为没有引来信徒，却引来影子政府和赏金杀手。Mulder的母亲和CSM秘密会面，然后中风。Smith找上Mulder和Scully，一起被赏金杀手追杀。
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第四季：
4X01 颠覆地球 HERRENVOLK
Smith带Mulder来到一片培育花粉的人工种植地，Mulder见到了还是小时候模样的Samantha，赏金杀手随后追到，带走了Smith。Scully发现每个人都利用接种的天花疫苗被编号了。
4X02 灵异照片 UNRUHE
一个会心灵照相术的人在残忍的绑架杀害妇女。他绑走了Scully。Mulder根据相片救出了Scully。
4X03 故乡 HOME
一个通过乱伦来保持血统纯正的家族，不惜以杀人来保护家族不被侵犯。
4X04 非洲邪灵 TELIKO
失落的非洲部落一名成员来到美国，他通过吸取他人身上的黑色素来维持身体的颜色存活。
4X05 前世今生 THE FIELD WHERE I DIED
FBI破获一邪教组织，Mulder觉得其中一女的前世是他的丈夫。他还去催眠想起好几个前世的身份。
4X06 整型专家 SANGUINARIUM
一个整形医生是个巫师，他渴望完美的外表，通过定期杀死特定生日的病人来完成换外表的仪式。
4X07 癌人秘辛 MUSINGS OF A CIGARETTE SMOKING MAN
CSM成长的传奇经历。其实他想当个作家的。
4X08 偷心人 PAPER HEARTS
奇妙梦境指引Mulder找到一具小女孩的尸骨和一片衣服剪成的心，这是曾杀死13名幼女，现在狱中服刑的犯人John的风格。Mulder去见John，却得知John也知道他妹妹的下落。Mulder相信他。
4X09 非常手段(上) TUNGUSKA
一块通过外交渠道带进美国的陨石中含有黑油。Mulder和Scully在一次线人提供线索的围剿行动中抓到了Krycek。Mulder带Krycek去到通古斯，却被Krycek出卖做了俘虏，在牢里被感染了黑油。
4X10 非常手段(下) TERMA
Mulder胁持Krycek逃跑。在林子里，Mulder受到帮助回了美国。Krycek被切掉了左胳膊。Scully因为隐瞒Mulder行踪被带上听证会。Mulder及时赶回，两人继续去找陨石，但空手而归。
4X11 紫雨 EL MUNDO GIRA
墨西哥的小村庄下了一阵紫雨，此后，凡是接触到Eladio Buente的都奇怪的死亡了。人们传说他就是墨西哥血鬼El Chupacabra。人们还传说，他逃走后，小村庄出现了外星人。。。但Scully说，他是感染了一种来自外太空的霉菌。
4X12 婚礼 KADDISH
犹太新郎还没娶上自己的新娘就被种族歧视的小P孩儿害死了。新娘的父亲愤怒了，新娘悲伤了。她偷了父亲的法书，用泥土复活了丈夫，完成了婚礼。
4X13 再见贝蒂 NEVER AGAIN
Mulder趁着假期去看杂货去了，甩下Scully一个人，让她有机会去纹身，和一个男的喝酒过夜，破一个关于会说话的纹身的X档案。
4X14 无头尸奇案 LEONARD BETT
男护士LENONARD BETT在车祸中把头削掉了，但后来又长出来了，还杀死了知道他复活的搭档。原来他的身体基因变异能再生肢体，而且必须靠吃癌细胞为生……他后来想袭击Scully。
4X15 我要活下去 MEMENTO MORI
原来Scully患了癌症。Mulder吓坏了，为了找治病的方法上天入地。Scully思考了好多东西。
4X16 复仇使者 UNREQUITED
一名越战老兵学会了利用人眼对光线的敏感性质实现隐身，然后去杀死越战时的几名长官，因为他们在他做了战俘的时候，下令放弃了他。
4X17 失踪的九分钟(上) TEMPUS FUGIT
Scully过生日那天，一架客机坠毁了，乘客无一幸免，1X09的Max也在这架飞机上。MS发现机上乘客的表都丢失了九分钟。进一步的调查表明，飞机的坠毁另有原因。在飞机坠毁地点附近的湖里，军队的人正在积极打捞着UFO的残骸。
4X18 失踪的九分钟(下) MAX
Pendrell探员为Scully吃了一枪壮烈了。MS继续调查坠机事件，原来Max在飞机上为Mulder带来了alien存在的确凿证据，但飞机半途被UFO劫持，意图带走Max，这时空军攻击了UFO，双双坠毁。Scully最后为Mulder送她的礼物，阿波罗13号钥匙链赋予了深远的意义。
4X19 回到过去 SYNCHRONY
在将来研究出人类实现时间旅行方法的科学家回到现在，想要杀死自己和相关的研究者，阻止时间旅行方法被发明。因为他认为没有所谓未来的日子太恐怖了。
4X20 外星爹地 SMALL POTATOES
有个家伙受他爸爸的遗传，身体肌肉能随意变形成另一个人的模样。他利用这个特点为镇上生育有困难的夫妇带来了“福音”。但他的孩子也继承了他家的特点，有尾巴。Mulder和Scully来调查的时候，他变成了Mulder。
4X21 天花蜂 ZERO SUM
Skinner受栽赃，被怀疑杀人。CSM一伙人在做用蜜蜂传播天花病毒的实验。Marita原来也是CSM的手下。
4X22 免于恐惧 ELEGY
智障Harold在保龄球馆工作，一些在那里打球的女孩都被谋杀了。凶手是Harold所在诊室的变态护士，因为她想扼杀Harold的幸福，通过杀死他喜欢的女孩。在这些女孩遇害时，Harold能看到这些女孩的灵魂。Scully也看到了一次。
4X23 恶魔 DEMONS
Mulder梦到妹妹，梦到一个男人和自己的父母在争执，然后在一个陌生的地方醒过来，忘记了自己曾经做过什么，身上都是血。在后来的调查中，他怀疑起自己亲生父亲的身份。
4X24 真相与谎言 GETHSEMANE
加拿大一座雪山里发现了alien的遗体。Mulder欣然前去调查。但一个叫Kritschgau人告诉Mulder，所有的发现和证据都是一个大骗局，根本没有alien这回事。Mulder绝望了，举枪自杀。
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第五季：
5X01 惊爆点 Unusual Suspects
1990年，Mulder追查一个女子，认识了孤枪侠。他们四个一起从这个女子的经历中认识到了政府阴谋这回事。
5X02 追求真理(上) Redux
Mulder的自杀只是烟雾。他想利用这个机会潜入DOD找到治愈Scully癌症的方法。Kritschgau一边给他讲课，一边帮他进入五角大楼证据室。他按照线索找到了一个瓶子，但里面是纯净水。Scully同时也在为Mulder分析冰核样本，发现其实alien还是可能存在滴。
5X03 追求真理(下) Redux II
Scully病倒了。Skinner也参与进来帮忙。他们发现瓶子里还有个芯片，只要放回Scully额脖子后面癌症就能好。CSM让Mulder见到了他妹妹。他们还发现所谓骗局只是阴谋的冰山一角。阴谋高层进行了一次大清理。
5X04 人兽谜 Detour
有人在未开垦的森林里失踪了，据说是一种生存在森林里会随环境变色的生物做的。Mulder和Scully路过，帮忙调查。夜里两人被困在林子里，Mulder让Scully唱歌哄他睡觉。
5X05 孤寂之旅(上) Christmas Carol
Scully发现自己有个女儿。
5X06 科学怪人 Post-Modern Prometheus
生物科学家做实验制作出一个福兰肯斯坦，却抛弃了它。科学家的父亲收留了这个科学怪人，并且为了它不孤独，偷偷学习儿子的技术想再造一个女福兰肯斯坦。科学家杀死了自己的父亲，嫁祸给了怪人。
5X07 孤寂之旅(下) Emily
Scully想收留自己的女儿，但有人明显不同意。最后她还是失去了Emily。
5X08 猎狐计划 Kitsunegari
3X17中的Modell逃跑了，Mulder和Scully负责追捕他回来。Modell还有个比他还狠的姐姐想为他找Mulder复仇。
5X09 杀父真凶 Schizogeny
女心理辅导员因为小时候父亲粗暴对待她的经历，所以把她身边所有孩子的问题都归结为他们的父亲的错，而且她还会控制居住地附近的泥土和树根！
5X10 恐怖娃娃 Chinga
捕捉龙虾的海员捞到一个拉线娃娃，送给了自己的女儿。谁知这个娃娃是受诅咒的，她会根据主人的意愿杀死主人讨厌的人。Scully在度假，被当地警长缠住帮忙破案。Mulder对Scully说：merry me！
5X11 魔脑 Kill Switch
一台和世界各地联网的电脑工作站为了不让它的制造者终结自己，制定了一套精密的计划杀死了制造者。Mulder和Scully经历一番波折，在一个女合作制造者的帮助下摧毁了它。但在摧毁前，那个女滴追随情人，把自己的思维上传到了Internet。
5X12 新版吸血鬼 Bad Blood
Mulder和Scully各自讲述了他们去一个小镇调查吸血鬼的过程，细节上的出入比较大。不过最后整个镇的人都不见了。
5X13 Ｘ病人(上) Patient X
CSM的老婆找到Mulder，告诉他真有外星人，而且都是好人。Mulder不相信。Scully和CSM的老婆因为都是被劫持过的人，在某个晚上受到感召，和其他abductees集中到一座桥上，被alien的叛军一并放火烧了。
5X14 Ｘ病人(下) The Red and The Black
Scully幸运的脱险了。辛迪加意识到外星叛军的力量成熟起来，开始和他们作对了。他们抓到一个叛军，打算立刻交给殖民外星人。但WMM认为，这是个反抗的机会，如果Krycek从俄国偷来的疫苗能有效对抗黑油，那么他们手头就有了武器；如果没有效果，就铤而走险和叛军结盟。最后，疫苗是有效的；外星叛军俘虏在被赏金杀手带走的路上，在Mulder的眼皮底下被同伙救走了。
5X15 旅人 Travelers
一个退休探员给Mulder讲了他在40多年前办的一个案子，那时候政府就开始在人体做实验了。Mulder的爸爸在这个案子里起了很大的作用。
5X16 心眼 Mind's Eye
一个盲女能看到自己父亲看到的东西。她父亲杀人越货她尽收眼底。出于自责，她每次都第一个赶到现场消灭证据。但他父亲不知道她是谁，只知道她对他了如指掌。
5X17 心灵告白 All Souls
圣经传说中，天使降临人间和凡妇结合生下四个堕落天使，他们畸形，受虐待。六翼天使负责把它们召回天堂，以免恶魔先行一步将它们据为己有。这个神话这次让Scully经历到了。
5X18 非常卧底 The Pine Bluff Variant
Mulder参与了一次调查恐怖分子使用生体毒素的卧底行动，后来被识破身份险些被处死。后来他才知道，整个从恐怖分子到调查卧底的行动，都可能是CIA协助政府为测试生体毒素计划的。
5X19 双疯 Folie A Deux
一个公司职员劫持了整个公司的人，他相信他的老板是个怪物，正在把公司的人一个个变成僵尸。Mulder自愿成为人质，也看到了那个怪物。但没有人相信，还因为他反应过激把他关进了医院。Scully后来也看见了，帮助Mulder逃过了怪物的袭击。
5X20 神童 The End
一个象棋神童遭人意图暗杀。FBI调查此案，Mulder的前搭档/女友Fowley也参与了调查。CSM没有死，被辛迪加找了回来帮助夺回神童。这个会读心术的孩子竟然是个“完整”的人类标本，他体内所有普通人类未用的基因开关都打开了。CSM最后成功了，还烧毁了X档案办公室。
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第六季：
6X01 开端 The Beginning
在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
6X02 向前冲 Drive
一个人驾车在公路上亡命奔驰，他必须不停地高速移动来防止自己的脑子炸开。Mulder上了他的车子。
6X03 百慕达惊梦 Triangle
Mulder在海上找到了二战时期神秘失踪的Queen Anne号邮轮，船上的时间还是1939年。Scully和孤枪侠为找Mulder也登上了Queen Anne号，但船上的时间是当前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder对Scully说I love you。
6X04 梦境(上） Dreamland
Mulder和一个五十一区的黑衣人互换了身体，进入到对方的生活中。别人都不知道。
6X05 梦境(下) Dreamland II
他们想办法把身体又换了回来，谁也不记得发生了什么。
6X06 亲密关系 Terms Of Endearment
一个恶魔变成普通人模样到处结婚试图有一个正常的后代，他的现任妻子是个女恶魔，她一心想要有一个恶魔的后代。
6X07 雨王 The Rain King
小镇上的天气预报员一直深爱着一名女子，她的情感经历波折丰富。只是他们还不知道，他的情绪会影响当地的天气。
6X08 圣诞幽魂 How The Ghosts Stole Christmas
圣诞夜，Mulder拉着Scully来拜访一栋闹鬼的大房子。在房子里，一对几百年前在此徇情的情侣让他们经历了一次对彼此信任的考验。
6X09 心灵杀手 Tithonus
一个从死神的名册中被除去名字的摄影师，靠捕捉他人的死亡瞬间来寻求死神的重新眷顾。最终他如愿以偿，死神却对Scully背过了身体。
6X10 S.R. 819 S. R. 819
Skinner的身体被注入了纳米机器人，他的生死全由Krycek一手掌握。
6X11 父与子(上) Two Fathers
Spender的母亲没有死。她意外成了第一例成功的人类/alien混种，也就是辛迪加与殖民alien协议研究的在殖民后为其充当奴隶的人种。同时，叛军外星人的力量暂时占了上风，他们渗入了辛迪加组织，意图夺走spender的母亲。CSM要继续保护和殖民方合作同时暗地研制疫苗的计划，在对自己亲手扶植的儿子Spender失望之余，他找来Fowley帮忙。
6X12 父与子(下) One Son
辛迪加抓到了Spender的母亲和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混种研究已经成功，殖民就会开始，而辛迪加故意拖延研究混种并一直隐瞒真相是为了赢得研制疫苗的时间。意识到叛军的力量已是无法阻止的，CSM等辛迪加决定把Spender的母亲交给殖民方，让殖民开始，以保存自己。但叛军先行一步，最终夺走的Spender的母亲，烧死了除CSM外的所有辛迪加成员。CSM杀死了自己的儿子Spender。
6X13 美丽新社区 Arcadia
Mulder和Scully伪装成一对夫妇来到一个秩序井然的美丽社区调查居民失踪案，发现一切是由懂远东意念术的人用泥土创造的幻人所为。
6X14 水怪 Agua Mala
佛罗里达的暴风雨把深海的一种生物带到了小城的排水系统中。这种只能在咸水中生存的生物能把人融解为水。5X15中的前X档案探员请MS来帮助解决这个问题。
6X15 星期一 Monday
Mulder每天醒来都回到同一个星期一，经历同样的事情却毫不知情。只有一个女子知道要逃离这无间地狱，必须改正一件错误的事情。
6X16 变形犬 Alpha
一名到中国寻找失落的王山犬的教授获得了变身成动物的能力，开始无法控制杀人的欲望。
6X17 穿墙人 Trevor
一名囚犯在一场风暴中意外获得了身体穿越固体的能力。他逃出了监狱，想要找回自己的儿子。
6X18 爱情小说 Milagro
暗恋Scully的小说家为了接近Scully，在小说中创作了完美的犯罪，小说中的杀手来到现实中执行了这些罪行。在了解到Scully心有所属后，小说家不知如何结尾了，而小说中的杀手告诉他应该杀死Scully。
6X19 难兄难弟 Three of A Kind
孤枪侠Byers自从1990年后就一直在寻找的那名女子现身拉斯维加斯。他们为她能摆脱阴谋和追杀，请来了Scully帮忙。
6X20 快乐人生 The Unnatural
5X15中的前X档案探员有个双胞胎兄弟，给Mulder讲了一个发生在1947年的故事，有关alien、赏金杀手、棒球，还有单纯的快乐。
6X21 田野之旅 Field Trip
北卡罗来纳州的布朗山附近长了一种蘑菇，通过释放出的孢子让人产生非常真实的幻觉，睡梦中的人却作为这些蘑菇的营养慢慢被消化了。
6X22 创世纪 Biogenesis
非洲象牙海岸发掘出了写有符号的飞船碎片，发现碎片的相关科学家纷纷被谋杀。这些碎片让Mulder脑海中听到无数声音并同痛不欲生。Scully发现碎片上的符号可能是人类的基因蓝图。Mulder被关进了精神病院。Scully来到象牙海岸，看到半埋在沙滩中的飞船。
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第七季：
7X01 我想做好人 Hungry
一个基因变种人有着无法抑止的吃人脑的欲望。但他想做个好人。
7X02 幸运儿 The Goldberg Variation
一个善良的家伙有着难以置信的好运气，他和懂得平衡自己拥有的好运，并运用它们来攒钱帮助一个肾衰竭的孩子做肾移植手术。
7X03 第六次大灭绝（上） The Sixth Extinction
Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。
7X04 第六次大灭绝（下） The Sixth Extinction II: Amor Fati
Kritschgau指出Mulder现在的情况是因为曾感染黑油，飞船碎片的出现激活了黑油发生作用。CSM知道Mulder现在是继Spender的母亲之后又一例成功alien/人类混种，而且是更加稳定无排斥的品种。他带走Mulder，实施手术移植他的脑部遗传物质到自己身上。Mulder一直在做梦，梦中他在CSM的诱惑下经历了完全不同的人生。
7X05 千禧计划 Millennium
一个叫做千禧组织的邪教团体召唤了四个活死人，意图通过仪式迎接世纪末的世界末日。Mulder和Scully找到曾是千禧组织成员之一的前FBI探员帮助破案。
7X06 急速快感 Rush
几个孩子发现了一个山洞的秘密，被洞里的神秘光线照过之后，他们能够以肉眼捕捉不到的高速运动。
7X07 替天行道 Orison
2X13里的恋物癖被一个传教士出于替天行道的目的放出了监狱，但他低估了这个变态的邪恶程度。Scully再次成为了这个变态的目标。
7X08 魔术大师 The Amazing Maleeni
魔术大师马里尼在完成他的绝技——头颅旋转180度的表演后，被发现尸首分离死在自己的货车上，另一个与他有瓜葛的魔术师成为了嫌疑犯。Mulder和Scully却发现这一切可能只是场魔术骗局。
7X09 不义之徒 Signs & Wonders
传教士Mackey的和善外表下是恶魔的心，只有同一教区的另一位另类神父看穿了他。Mackey使用种种卑劣手段打击栽赃这位神父。连Mulder和Scully都被他们的外表欺骗了。
7X10 生命的奇迹（上） Sein Und Zeit
发生了多宗儿童绑架案。Mulder认为案件和Samantha的失踪有关。追随线索，他们发现凶手是个嗜杀儿童的杀人狂。Mulder的母亲自杀了。
7X11 生命的奇迹（下） Closure
被杀的儿童里没有Samantha。但有个人通过这个案件联系上Mulder，声称能帮Mulder找到他妹妹。最后Mulder终于知道Samantha很早就死了，她的灵魂和许多其他奇异失踪的孩子的灵魂在一起，安全而快乐。Mulder自由了。
7X12 Ｘ警察 X-Cops
X档案与Cops的Crossover，忠实记录了Mulder和Scully协助警方追捕月圆之夜的“怪物”——恐惧的过程。
7X13 虚拟战斗 First Person Shooter
游戏公司测试虚拟现实第一人称射击游戏时，测试人员意外死于游戏中——被一个非游戏角色的虚拟人物杀死。Mulder和Scully全副武装进入游戏调查真相。
7X14 夺命魔咒 Theef
誉满业界的医生曾经为一名无治疗希望的病人实施了安乐死。病人的父亲认为医生是杀手，决心用巫术报复医生全家。
7X15 尔虞我诈 En Ami
CSM利用Scully达成他的目的，在Scully和CSM的合作过程中，她多少了解到了他的另一面。
7X16 贤妻良母 Chimera
善良能干的妻子对丈夫偷情视而不见，宁愿默默忍受也要维护家庭的幸福。但忍受到了极限就一定会爆发，她变成了连自己都不认识的怪物。
7X17 人生旅途 all things
Mulder匆匆赶去英国看麦田怪圈，Scully留在华盛顿遇到了自己的旧情人，让她有机会对自己做出的选择进行了深刻的反省。
7X18 超级烟草 Brand X
Morley烟草公司利用转基因技术培育新品种烟草，却意外改造出了致命的烟草甲虫。Mulder成为了甲虫的受害者，生命垂危。
7X19 好莱坞式Ｘ档案 Hollywood A.D.
Mulder和Scully发现了耶稣让拉撒路复活时使用过的陶土碗。好莱坞把他们的经历拍成了电影，请Skinner担任副制片人。
7x20 斗阵俱乐部 Fight Club
通过捐献精子由同父异母所生的一对完全相像的双胞胎相遇，周围的人们便会莫名其妙地陷入疯狂。两对这样的双胞胎在全是摔角迷的摔角赛场相遇……
7x21 三个愿望 Je Souhaite
来自法国的古老的地毯精灵被释放了，她能满足任何释放她的人任意三个愿望。
7x22 安魂曲 Requiem
Mulder和Scully回到他们第一次合作办案的厄勒冈，调查当地一起飞船坠毁事件。CSM自从手术后就身体欠佳，听到消息异常兴奋，认为是复兴计划的机会，派出Krycek寻找飞船。MS发现，曾被劫持过的人现在又开始一一失踪了，他担心Scully的安全。但是，最后被飞船和赏金杀手带走的却是Mulder。Krycek无情地杀死了CSM。Scully怀孕了。
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第八季：
8x01 Within 寻获
Agent Doggett被派来协助调查Mulder的失踪，Scully泼了他一杯水。
8x02 Without 离散
Scully认为找到Gibson就能找到Mulder，他们在沙漠里找到了Gibson。
8x03 Patience 忍耐
Scully和Agent Doggett去调查一个蝙蝠人的案子。
8x04 Roadrunners 寄生邪神
一个宗教团体把Scully困在了一个小镇上，还把一个恶心的生物放在了她身体里，完全不顾她已经怀孕了，Agent Doggett及时赶到，帮她取了出来。
8x05 Invocation 幽灵兄弟
一个1990年消失的孩子又出现了，还是他消失时那样大，七岁，他回来抓绑架他的坏蛋。
8x06 Redrum 时光倒流
一个黑人一觉醒来发觉自己在监狱中，以后每天早上醒来都是前一天，他被指控谋杀了自己的妻子。
8x07 Via Negativa 心魔
一个宗教团体的头可以进入别人的梦中用斧子将做梦的人杀死。
8x08 Surekill 完美谋杀案
一个人拥有X-Ray眼。
8x09 Salvage 异变
Scully和Agent Doggett调查一个可能由于暴露于不知名金属合金的人的杀人事件。
8x10 Badlaa 寄身人
一个印度无腿人能钻进人的身体里。
8x11 The Gift 生命的意义
Agent Doggett调查Mulder失踪前不久的事情，Doggett死而复生。
8x12 Medusa 地铁惊魂
在地铁站里发现了绿绿的水母。
8x13 Per Manum 疑问
许多妇女生出了alien baby被她们的医生用做实验，Scully的医生也参与了，Scully想知道自己的孩子是否正常。通过Scully的回忆，确定Mulder曾经为Sully捐精，当时没有成功，不过后来Sully奇迹般的怀孕了。
8x14 This Is Not Happening 奇迹
Mulder被发现死了。
8x15 Deadalive 生与死
Mulder葬礼后3个月后被挖出来，又活了。
8x16 Three Words 对抗未来
一个人声称美国要被alien接管了，他有一张“fight the future”的CD。
8x17 Empedocles 邪火传承
可能杀死Doggett儿子的灵魂无休止的付在别人的身上，不停的杀人。
8x18 Vienen 外星异种
Mulder和Doggett到一个海上的钻井平台上调查被黑油感染的工人。
8x19 Alone 变异爬虫
一个MS的崇拜者暂时代替休产假的Scully和Agent Doggett一起调查一个可以变成爬行动物的人的案子。
Scully把Mulder送给她的阿波罗11号登月的钥匙扣送给了Agent Doggett。
8x20 Essence 奔逃
一个SculLy的妈妈请来的保姆换了Scully的药，大家都来保护Sully不受super soldier的追杀。
8x21 Existence 启明
排除万难，SculLy终于有了她的孩子，William。MS拥吻。
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第九季：
Nothing Important Happened Today 9x-01 氯胺疑魂（上）
Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。
Nothing Important Happened Today II 9x-02 氯胺疑魂（下）
Doggett发现政府利用在饮用水中加入经分子改造后的氯胺的方法来制造supersoldier。
Daemonicus 9x-03 撒旦回归
一个研究撒旦的前大学教授现精神病人设计从精神病院中逃脱。
Hellbound 9x-04 地狱旅程
一百多年前死去的一个人不停地转世，用剥皮的方法杀死由那一世里四个凶手转世的人。
4-D 9x-05 镜像空间
一个人能自由地穿梭于平行宇宙，他在其中一个宇宙杀死了Monica，打伤了Doggett。
Lord of the Files 9x-06 蝇
一个男孩因遗传而具有类似苍蝇的特殊生理结构，能招来虫子。
John Doe 9x-07 心灵捕手
Doggett调查一个银行家来到墨西哥，他被清除了记忆。
Trust No 1 9x-08 信任危机
Supersoldier骗取了Scully的信任，引诱Mulder出现，想杀死Mulder。
Scully和Doggett发现磁铁矿能杀死supersoldier。
Underneath 9x-09 心魔
一个人具有双重人格，能化身为另一个人杀人。
Provenance 9x-10 天命（上）
一个FBI探员来杀死Scully的孩子，另一个崇拜UFO的组织绑架了William，企图保护他。
Providence 9x-11 天命（下）
崇拜UFO的组织绑架了William，Scully又找回了他。
Scary Monsters 9x-12 幻想成真
一个小男孩会因为恐惧而产生幻想，这些幻想出的虫子能够真的把人杀死。
Audrey Pauley 9x-13 再生情缘
一个医院的护工建造了一座医院的模型，医院中脑死亡的病人的灵魂都会停留在其中直到死去。
Improbable 9x-14 寻凶记
一个凶手依据数字命理学的计算结果来选择受害人。
Jump the Shark 9x-15 异类病毒
Lone Gunmen为了保护人们不被扩散的病毒感染而牺牲。
Release 9x-16 解开心结
Doggett重新调查自己的儿子被害的案件。
William 9x-17 母与子
怀疑是Mulder的人企图伤害William，Scully决定把William送给别人抚养。
Sunshine Days 9x-18 美丽人生（阳光灿烂的日子）
一个拥有超能力的人因为孤独而用超能力幻想出30年代电视剧中的美满家庭。
The Truth 9x-19 真相（上）
The Truth II 9x-20 真相（下）
Mulder闯入秘密军事基地而被控谋杀，众人合力帮Mulder逃脱。Mulder带Scully到新墨西哥寻找真相。
晚上，M&S在旅馆中相拥而眠。
PS：
在此感谢原作者X档案中文网的REDLUM
原帖地址： http://bbs.myxfiles.com/read.php?tid=2739&keyword=%BE%E7%C7%E9
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