吞咽口水时耳后根疼，可能是外伤、普通感冒、中耳炎、急性咽炎等情况导致，如果疼痛症状持续无法改善，建议患者到医院耳鼻喉科就诊，完善耳内镜、血常规等检查来明确诊断，然后遵医嘱治疗。

1、外伤：耳部受到外伤，导致局部软组织充血、肿胀、疼痛，咽喉部位和耳部有共同的神经连接，吞咽的动作可刺激到连接耳部的神经，引起疼痛出现或加重。如果局部皮肤有破损，可以遵医嘱使用碘伏进行消毒，保持局部清洁，如果伤口较深，可能需要进行清创、缝合等处理。

2、普通感冒：主要是由鼻病毒和其他病毒感染引起的急性上呼吸道感染，可引起鼻咽喉部位的炎症，造成咽喉疼痛，吞咽活动时可通过与耳部相连的神经将疼痛症状放射至耳部，患者可以遵医嘱使用感冒灵颗粒、复方氨酚烷胺胶囊等药物治疗。

3、中耳炎：中耳的全部或部分结构出现了炎性病变，可导致耳鸣、耳痛、耳闷胀感等临床症状，吞咽时咽喉部活动牵扯到耳部神经，可引起耳部疼痛症状的出现或加重，患者可遵医嘱使用氧氟沙星滴耳液、阿莫西林胶囊、头孢呋辛酯胶囊等药物治疗。

4、急性咽炎：主要是溶血性链球菌、肺炎链球菌、葡萄球菌、流感嗜血杆菌或病毒引起，咽部黏膜、黏膜下组织出现急性感染，由于炎症介质的刺激，可导致咽喉疼痛，做吞咽动作时可引起反射性耳后根疼，患者可遵医嘱使用桂林西瓜霜胶囊、阿莫西林胶囊等药物治疗。

除以上情况外，存在急性扁桃体炎、咽喉肿瘤等疾病，也可出现咽喉痛、耳部放射痛等症状。人们日常洗头发、洗澡以及游泳的时候要尽量避免耳朵进水，如果不慎进水，需要及时擦干，避免诱发耳部炎症，引起耳部疼痛。