鼻囊肿的各个类型所表现出的临床症状并不相同。

1. 鼻前庭囊肿：鼻前庭囊肿发展缓慢，通常只在一侧发病。伴随着囊肿的增长，其症状才逐步显现。可以从外观上观察到鼻翼等部位的异常隆起，部分患者可能还会感受到鼻内以及上唇的胀痛感，而这一感觉又会在咀嚼食物时加重。如若囊肿并发了感染，囊肿的体积会迅速增大，而患者的疼痛感也会随之而加重。

2. 鼻窦粘液囊肿：病程较长，可数十年仍局限在鼻窦腔内，但体积较大的囊肿通常会侵犯多个部位从而带来多种不同的临床表现，而体积较小的囊肿可能仅仅只引起头痛。若囊肿并发感染，则会变为脓性囊肿，症状会进一步加重。而根据其大小和侵犯部位的不同，可有下列的临床表现：

鼻部表现：鼻腔检查时可见不同部位的膨隆凸起，或是鼻顶下陷（额窦），患者自身可以感觉到嗅觉的减退，出现流涕、鼻塞等症状，严重时还可出现脑脊液鼻漏（脑脊液通过一些部位的缺损、破裂处流出，通过鼻腔流出体外）。

眼部表现：当囊肿增大侵犯到眶内即可出现眼部症状。

眼球移位：由不同位置的鼻窦侵犯，眼球的移位方向也不相同，可表现为向外下、外侧以及突出等等，可作为鉴别诊断的依据。

眶尖综合征：这是由于巨大的囊肿压迫到眶尖周围的脑神经，使其正常的功能遭到破坏，从而导致眶压增高使眼球突出；眼肌异常使眼睑下垂、眼球固定；视力减退甚至失明以及眼部的感觉障碍。

其他：由于受到囊肿的压迫，患者的视力可出现不同程度的障碍或者损失，也可造成不自主地流泪等症状。

面部表现：面部可观察到囊肿所致的隆起，隆起表面光滑，有「乒乓球感」或是「破鸡蛋壳感」，通常碰触它患者自身不会感到疼痛。当出现炎症感染时，其局部可出现发红、肿大、发热以及疼痛的感觉。

其他表现：包括头痛与麻木感；囊肿压迫脑垂体时可出现尿崩（尿量增加）、闭经等内分泌症状；囊肿侵犯颅底时可引起脑膜炎；炎症感染严重时可有体温升高或是全身不适。

3. 鼻窦浆液囊肿：单纯的鼻窦浆液囊肿通常没有明显的症状，部分病人会出现头痛、牙痛等症状，有时会从鼻腔内流出黄色透明液体（囊肿破裂导致）。囊肿反复地产生与破裂，会使得患者的症状呈现间歇性发作。

4. 含牙囊肿：囊肿增大时可导致该侧的面颊部或是唇龈部的局部隆起，隆起处皮肤黏膜正常，也可有「乒乓球感」或是「破鸡蛋壳感」，部分患者也会出现同侧的鼻塞，眼球也有一定可能会向上移位。而其特征性的表现则为检查牙齿时常发现有一牙缺如，多为尖牙、前磨牙或切牙。